что входит в обязанности налогового агента?

Согласно пункта 3 статьи 24 НК РФ часть 1
3. Налоговые агенты обязаны:
1) правильно и своевременно исчислять, удерживать из денежных средств, выплачиваемых налогоплательщикам, и перечислять налоги в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующие счета Федерального казначейства;
2) письменно сообщать в налоговый орган по месту своего учета о невозможности удержать налог и о сумме задолженности налогоплательщика в течение одного месяца со дня, когда налоговому агенту стало известно о таких обстоятельствах;
3) вести учет начисленных и выплаченных налогоплательщикам доходов, исчисленных, удержанных и перечисленных в бюджетную систему Российской Федерации налогов, в том числе по каждому налогоплательщику;
4) представлять в налоговый орган по месту своего учета документы, необходимые для осуществления контроля за правильностью исчисления, удержания и перечисления налогов;
5) в течение четырех лет обеспечивать сохранность документов, необходимых для исчисления, удержания и перечисления налогов.
Да, организация выдаст арендную плату за минусом НДФЛ, а за год подаст сведения в налоговый орган о доходе, о удержанном и перечисленном налоге, если физическое лицо не является ИП.

налоговый агент в данном случае будет удерживать с доходов физического лица 13 % - НДФЛ и перечислять в бюджет

Статья 24. Налоговые агенты
1. Налоговыми агентами признаются лица, на которых в соответствии с настоящим Кодексом возложены обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению налогов в бюджетную систему Российской Федерации.
(в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

3. Налоговые агенты обязаны:

1) правильно и своевременно исчислять, удерживать из денежных средств, выплачиваемых налогоплательщикам, и перечислять налоги в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующие счета Федерального казначейства;
(в ред. Федеральных законов от 09.07.1999 N 154-ФЗ, от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

2) письменно сообщать в налоговый орган по месту своего учета о невозможности удержать налог и о сумме задолженности налогоплательщика в течение одного месяца со дня, когда налоговому агенту стало известно о таких обстоятельствах;
(пп. 2 в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

3) вести учет начисленных и выплаченных налогоплательщикам доходов, исчисленных, удержанных и перечисленных в бюджетную систему Российской Федерации налогов, в том числе по каждому налогоплательщику;
(пп. 3 в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

4) представлять в налоговый орган по месту своего учета документы, необходимые для осуществления контроля за правильностью исчисления, удержания и перечисления налогов;

5) в течение четырех лет обеспечивать сохранность документов, необходимых для исчисления, удержания и перечисления налогов.

(пп. 5 введен Федеральным законом от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

4. Налоговые агенты перечисляют удержанные налоги в порядке, предусмотренном настоящим Кодексом для уплаты налога налогоплательщиком.

(п. 4 введен Федеральным законом от 09.07.1999 N 154-ФЗ)

5. За неисполнение или ненадлежащее исполнение возложенных на него обязанностей налоговый агент несет ответственность в соответствии с законодательством Российской Федерации.
(в ред. Федерального закона от 09.07.1999 N 154-ФЗ)