НДС и упрощенка

Если Вы на общей системе Вы обязаны выделять и уплачивать НДС (если эта деятельность НДС облагается) , кто у Вас покупает товар - не важно

Да какая разница на какой системе налогообложения покупатель. Вы как продавец обязаны уплачиванть НДС. Реально это бремя на покупателе. Но в бюджет должны перечислить Вы. Пример на пальцах. Вы приходжите в магазин и что то покупаете (при условии чито магазин на ОСНО, таких много) посмотрите чек там выделен НДС, а ведь вы всего лишь розничный покупатель и не плательщик НДС. Как я понимаю у Вас идет налоговая проверка. Доначислят вам теперь НДС, и будете его уплачивать с пенями, еще и штраф. Возьмите на работу нормального бухгалтера.

А почему Вы выписали документ без НДС? Все плательщики НДС обязаны на стоимость продаваемого товара начислить НДС. Вы не исполнили свою обязанность. Вас еще не оштрафовали? И когда руководители поймут, что бухгалтер нужен на предприятии?

Требования налоговой правомерны. Вы плательщик НДС, причем тут ИП?
Переделывайте документы. Делайте уточненную декларацию. Доплачивайте налог.

Вы на ОСНО, значит выписываете с НДС!

Вы обязаны начислить НДС и заплатить его в бюджет, а ваши покупатели здесь ни причем. А с налоговой не спорте, в данном случае она права.
Сначала доплатите эту сумму НДС, а потом подайте уточненную декларацию по НДС, а то вам начислят штраф