Как правильно указать в письме судье на неверное составление протокола об АПН?

Требования к содержанию протокола, предъявляемые ст. 28.2 почти полностью соблюдены. Если есть желание зацепиться за это "почти", то можете подать ходатайство о приложении к протоколу замечаний по содержанию протокола.
Эти замечания предусмотрены ч. 4 ст. 28.2 КоАП. При составлении протокола, частью 3 ст. 28.2 должны разъясняться права лица, в отношении которого ведется производство по делу. Право делать замечания, в нарушение закона (законом является сам КоАП) , не разъяснялось и просто скрыто.
Одно ходатайство о замечаниях, с подачей замечаний, другое ходатайство о неиспользовании протокола в качестве доказательсва, в соответствии с ч. 3 ст. 26.2 КоАП РФ. Заявление о подложности сведений можно подтвердить своей копией протокола, но можно напороться на заявление судьи о том, что Вы сами изменили содержание копии или о том, что эта копия недействительна (копия должна быть удостоверена лицами, которые подписали оригинал, но это, традиционно, не делается) .

Суд может назвать это недостатком протокола, который может быть устранен при рассмотрении дела. Для этого достаточно получить подтверждение данных о Вашем ТС.
Ищите более серьёзные аргументы.

Это не причина для закрытия дела.

Крайне сложно будет доказать, что отсутствие в дубликате записей не техническая ошибка, а фальсификация/подделка документа. Ведь отсутствие в протоколе сведений могло быть вызвано дефектом копировальной бумаги или, если было написано два экземпляра, в одном было просто "забыта" написана инспектором часть сведений.
Естественно, в заявлении, подаваемом в суд, необходимо сделать на это упор, но составление заявление доверьте профессионалу (юристу, специализирующимся на административном праве) .
Шансов мало: суд скорее всего будет рассматривать только оригиналы документов, но все равно попробуйте.

Обратись к юристу !
Все ходатайства представленные в суд заявлять только в письменном виде !
Судья на ответ ходатайства должен вынести письменное определение .