сложно ли снять с учета автомобиль в Самаре если допустим он стоит на учете в Марий Эл?

Если собственник авто не менялся, то снять с учета пока можно только в пределах региона регистрации. Предъявив авто или по акту единичной сверки - по месту нахождения авто проводите его осмотр в любом регистрационном отделении ГИБДД и получаете акт единичной сверки, действующий 20 суток. И с этим актом и необходимыми документами едете без авто в регион его регистрации и снимаете с учета.
Если купили авто на номерах, то при постановке на учет новым владельцем авто снимается с учета автоматически. Но в случае разных регионов сначала по месту регистрации авто отправляется запрос для проверки. Ответ можно ждать долго, т. к. сроки не регламентированы. Так что в этом случае лучше самому новому владельцу сразу после покупки снять авто с учета в регионе его регистрации - по ДКП и ПТС.
Если же собственник авто переехал в другой регион, то снимать авто с учета по старому месту не надо - при перерегистрации авто по новому месту регистрации с прежнего учета авто снимается автоматически.

да теперь легко и в любом регионе можно снять, НО реально зависит от расторопности гайца-насколько он быстро сделает запрос в ваш регион о штрафах и налогах и если всё ок -то в один день снимете, вам большой удачи

Придётся ехать в марий эл

Нет не сложно - невозможно.