Ваз 2108 провалы оборотов и просад напряжения

Осталось заменить аккумулятор. Возможно в нём КЗ банки.

Вероятно Вы не знали ...Генератор на холостых и низких оборотах может НЕ ДАВАТЬ заряд. Часто его производительности в этих режимах еле хватает на зажигание и габариты, НЕ больше. Даже включение стопов или поворотников снижает напряжение до остановки мотора. Эти перепады в некоторой степени снижает аккумулятор, на холостых и низких снабжая бортовую сеть.
В осенне-зимнее время, при коротких поездках, аккумулятор ПОСТОЯННО недозаряжен. Именно поэтому аккум тренируют минимум перед холодным сезоном. А оптимально - зарчяжать аккум от розетки минимум раз\месяц.
Если Вы таксуете - разумно ставить аккум на подзарядку КАЖДЫЙ раз, когда приезжаете домой. При этом подбираете или ток, который к выезду зарядит батарею (слишком большой - будет выкипать; слишком малый - недозарядится) , или применять автоматическое зарядное, которое само отрегулирует ток заряда.
Возможно у Вас есть и проблема. Но это проверяется двумя способами.
1) На металлический корпус генератора крепится автомобильный провод сечением от 10 мм кв. Второй конец провода крепится к массе аккума. Это - временная схема, для проверки. Если такой провод существенно повысит напряжение - Вам необходимо постоянное подключение автомобильным проводом от 10 мм кв от корпуса генератора к корпусу мотора. И Вам необходимо заменить ремешки массы (специальные толстые провода от мотора к кузову)
2) Возможно у Вас неисправен диодный мост, или загрязнены контакты, в генераторе, от встроенного диодного моста для обмотки возбуждения до шоколадке. На низких оборотах он выдаёт наибольший ток, и грязные \ плохие контакты могут СИЛЬНО влиять на нагрузочную способность.
3) Оптимально проверить реальную ёмкость аккума. Он, при таком режиме эксплуатации, мог засульфатироваться, что происходит, когда аккум постоянно недозаряжается. В этом случае помогает неспешный восстановительный заряд. Иногда - с доливкой дистиллированной воды. Но... медицинской, двойной перегонки (если это конструктивно возможно для Вашего аккума.)
Описанная Вами проблема - постоянная головная боль старых бензиновых городских автобусов. Когда они или работают на холостых, или на низких оборотах - аккумы не успевают заряжаться. И при морозах, на стоянке, часто аккум размораживается.

а хх есть?

Не перечислены: свечи, в/в провода, распределитель зажигания и регулировка угла опережения, ремень и его натяжитель, воздушный фильтр. С этим что-то делали?
Иногда подобная засада бывает при плохом контакте клемм с аккумулятором, а ещё хуже - плохой контакт с массой от акб.

Ну если двигатель и правда капиталился и все остальное из списка менял и делал как положено, то остается только коробка. Может она на нейтрали подклинивает. Первичный вал ведь все рано крутится. Может там подшипникам втулкам хана и без нагрузки на вал он начинает клинить. Маловероятно, но ты ведь все остальное уже сделал, если конечно и правда сделал.

новый генератор покупал? Меняй щетки, проблема в них