досрочное погашение кредита по ипотеке, но не на весь остаток, как списывается сумма, только с кредитного тела или ещё и

Всё, что оплачено сверх планового платежа (досрочка) идёт только на гашение самого тела кредита. Это закон! В указанном примере, с момента такого гашения проценты будут начисляться только на 500 тысяч. 1 миллион процентов из условия 12% годовых при кредите в 1,5 миллиона - это на срок в 10 лет. Если после досрочки оставят тот же срок, то процентов уже будет 360 тысяч (платежи по 7 200). А если оставить ту же сумму платежа (по 21,5 тысяче в месяц) , то срок сократится до 27 месяцев, а проценты к выплате - всего 73 тысячи!
Чем раньше и чем больше досрочка, тем меньше процентов. Это формула такая...

Долг он и есть долг, никто его не разделяет на две кучки. )
При досрочном погашении, либо уменьшается срок выплаты, или уменьшается размер ежемесячной выплаты. Вы должны решить, что вам лучше и известить банк о своем решении.

Настаивала бы на новом соглашении: погашу основной долг, проценты до сих пор выплачивались исправно, значит, больше процентов, неустоек не должно быть. Вы, банк, не имеете ко мне никаких претензий. Юридически грамотно оформить, подписать обоими сторонами, печати, даты.

Федеральный закон от 21.12.2013 N 353-ФЗ
(ред. от 21.07.2014)
"О потребительском кредите (займе) "

20. Сумма произведенного заемщиком платежа по договору потребительского кредита (займа) в случае, если она недостаточна для полного исполнения обязательств заемщика по договору потребительского кредита (займа) , погашает задолженность заемщика в следующей очередности:
1) задолженность по процентам;
2) задолженность по основному долгу;
3) неустойка (штраф, пеня) в размере, определенном в соответствии с частью 21 настоящей статьи;
4) проценты, начисленные за текущий период платежей;
5) сумма основного долга за текущий период платежей;
6) иные платежи, предусмотренные законодательством Российской Федерации о потребительском кредите (займе) или договором потребительского кредита (займа) .

Как то так для договоров заключенных после 01 июля 2014 г.

Для договоров до 01 июля 2014 г.

Статья 319 ГК РФ
Очередность погашения требований по денежному обязательству

Сумма произведенного платежа, недостаточная для исполнения денежного обязательства полностью, при отсутствии иного соглашения погашает прежде всего издержки кредитора по получению исполнения, затем - проценты, а в оставшейся части - основную сумму долга.

Потом неустойки, штрафы и все остальное.