Nikon. Какой выбрать? Терзаюсь между D3100, D90 и D5000... Какой взять и с каким объективом (-ами)? Спасибо.

Золотая середина между любительскими и профессиональными фотоаппаратами это Nikon D5000. Даже в стандартной комплектации, с китовым объективом ( на 50mm или 18-105 mm) это очень хороший и самый современный фотоаппарат. Он меньше по размерам, у него лучше эргономика. А остальные из вашего списка это вчерашний день. Объективы к D5000 подходят любые из линейки Nikon .Желательно брать со светосилой f:2,8G, но такой светосильный объектив удорожает фотоаппарат на 30 000 руб.

D90 лучший из этих! С ним идёт кит 18-105. Для учёбы не плох, далее определитесь уже сами.
Не торопитесь сразу брать все объективы. Со временем узнаете о себе и о фотоаппарате больше, тогда и решите.
Корпус крепче, вспомогательный дисплей сверху, отвёртка (можно покупать объективы без мотора автофокуса (дешевле и выбор их больше) , да и вообще, лучше 90й).

D90, тушкой. Объективы.. . А что вам интересно? От этого и пляшите.
Портрет? 85/1,4
Пейзаж? 12-24/4
Спорт? 70-200/2,8
Фотоохота? 300/4

Всё выше написанное - ИМХО

D90,
D7000 (предпочтительнее) боди.
Объективы.. .

Портрет:
Nikon 85mm f/1.4D AF Nikkor 33 490 ...42 800 руб.
Sigma AF 50mm f/1.4 EX DG HSM*****от 17 595 до 23 888 руб.

Пейзаж:
Sigma AF 10-20mm f/3.5 EX DC HSM*****от 21 700 до 25 550 руб
Nikon 14-24mm f/2.8G ED AF-S Nikkor*****от 57 498 до 68 880 руб.

Спорт:
Nikon 70-200mm f/2.8G ED AF-S VR II*****от 71 000 до 82 130 руб.
Nikon 70-200mm f/2.8G ED-IF AF-S VR Zoom-Nikkor 66 450 ...96 942 руб
Nikon 80-200mm f/2.8D ED AF Zoom-Nikkor 34 300 ...41 500 руб

макро:
Sigma AF 105mm f/2.8 EX DG MACRO от 16 490 до 18 499 руб.
Nikon 105mm f/2.8G IF-ED AF-S VR Micro-Nikkor*****от 31 400 до 37 650 руб

если это первая зеркальная камера и большого опыта в фотосъемке нет, то лучше D3100 с китом