Выкуп земельного участка организацией (см. в вопросе)

Если администрация "выкатывает" Соглашение о возмещении арендной платы, как УСЛОВИЕ ЗАКЛЮЧЕНИЯ договора выкупа ЗУ, то это безусловно не правомерно. Ваша организация, как собственник здания на этом ЗУ, имеет ИСКЛЮЧИТЕЛЬНОЕ право выкупить ЗУ и вне зависимости от наличия предыдущих арендных отношений с собственником-муниципалитетом, в т. ч. от наличия задолженностей по арендной плате.
Но из вопроса не понятно, был ли ранее у Вас с администрацией договор аренды (или он был, на пример, у предыдущего собственника Вашего производственного здания) ? Если ДА, то само по себе требование о возмещении арендной платы может быть и правомерным.
Но может и нет, если, на пример, ЗУ был предоставлен Вам на праве постоянного (бессрочного) пользования и Вы все эти годы уплачивали земельный налог.
А если земельный налог Вы не платили, но ЗУ фактически пользовались (здание-то на нем стоит) , то даже при отсутствии в прошлом арендного договора, администрация может Вам предъявить требование не об уплате арендной платы, а возмещении стоимости неосновательного обогащения (ст. 1105 ГК РФ) от пользования ЗУ и в размере арендной платы (судебная практика по этому вопросу уже имеется и обширная) .
Для более точного ответа нужна дополнительная информация (можете дать в Пояснениях и комметах) об основаниях и условиях предоставления этого ЗУ Вам (или предыдущему собственнику здания) , а также о постановке ЗУ на кадастровый учет и о наличии оформленных (зарегистрированных) прав на этот ЗУ.
Вам имеет смысл привлечь квалифицированного юриста в реале (с предоставлением ему для анализа всех фактически имеющихся у Вас документов на ЗУ и здание) .
Удачи.
-

Это не арендная плата, это налог на землю и этот налог вы должны были платить, пока ваше производственное здание стоит на этой земле. Поскольку городская администрация не предъявляла вам счет по этому поводу целых три года, думается, что этого налога и не было. Если закон об этом налоге вступил в силу только сейчас, то с этого времени вы и будете его оплачивать. Обратитесь в налоговую инспекцию, если администрация ещё с ними не "уладила" этот вопрос, а если там уже всё тип-топ, придется вам обратиться к адвокату - налог на землю за три года-это приличненькая сумма. Скорей всего
вас хотят "сделать". Не сдавайтесь!

Лучше обратиться к опытному юристу!!!! у меня такая же фигня была в Германии...

здание и земля на которой оно стоит-это не одно и то же

Я не знаю, с чего Элеонора Полякова взяла, что это налог, ибо налогами занимается налоговая. И налог на землю выставляется исключительно за землю в собственности или на праве бессрочного пользования (пережитки 90х, сейчас такого не оформляют, но иногда встречается) .
Соответственно Администрация явно пытается садрать именно арендную плату.
Без договора она это сделать не может, т. к. : договор аренды должен быть заключен в письменной форме, если одна из сторон является юридическим лицом.
В соответствии с нормами, изложенными в ст. 651 ГК РФ, договор аренды недвижимого имущества подлежит государственной регистрации, если он заключен на срок более года, и с момента такой регистрации считается заключенным. (администрация требует аренду за 3 года) .
В ГК определено, что в случае несоблюдения требования о регистрации, договор считается незаключенным.. .
Статья 609. Форма и государственная регистрация договора аренды
1. Договор аренды на срок более года, а если хотя бы одной из сторон договора является юридическое лицо, независимо от срока, должен быть заключен в письменной форме.
2. Договор аренды недвижимого имущества подлежит государственной регистрации, если иное не установлено законом... .
Статья 433. Момент заключения договора
...3. Договор, подлежащий государственной регистрации, считается заключенным с момента его регистрации, если иное не установлено законом.
Другое дело, если Вам нодо выкупить землю, а администрация упирается, что если не заплатите "арендную плату", так что, выбор за Вами.. .

Можете отказаться платить неустойку, и подать в суд, там и посмотрите, что вам предъявят ответчики ( администрация)...

скажите спасибо, что только на срок исковой давности....

Если договора аренды нет не может быть никакой арендной платы. А соглашение вам подписано?