Законная неустойка

Вы уверены что для вашего вида отношений (договор строительного подряда) есть неустойка предусмотренная ЗАКОНОМ.
Я лично не встречал такого закона в котором была бы предусмотрена такая неустойка.

Кстати 0,1% от суммы долга это далеко не мало если конечно за каждый день просрочки.

Проценты за пользование чужими денежными средствами (она и есть единственная законная ответственность в Вашем случае (ст. 395 ГК РФ) ) значительно ниже - 0,03% в день.

а законная неустойка - 1/300 ставки рефинансирования, Вы уверены, что она больше?
несмотря ни на что требуется вносить изменения в договор. Если не договоритесь, то будет применяться договорная, а не законная неустойка.

Пишите заявление в простой (произвольной) письменной форме со ссылкой на закон и отправляйте подрядчику заказным с уведомлением.

Законная неустойка, это половина дела, ГК допускает включение в договор проценты за пользование чужими денежными средствами и договорную неустойку до 0,0243% за день просрочки (8,75% ставка рефинансирования /360дней)

ну во-первых - 0,1 % за каждый день просрочки либо всего 0,1%
если за каждый день, то это далеко ни маленькая неустойка.
Теперь по Договору.... изменение Договора по общему правилу возможно лишь по сглашению сторон. врядли должник согласится подписать что-то подобное.
что касаетися возможности применения законной неустойки, т. е. по 395. то если в договоре предусмотрен размер неустойки, то нужно применять то, что указано в договоре. Если бы в Договоре об этом не было ни слова (формулировка типа "ответственность в соответствии с действующим законодательством"). то тут в чистом виде ст 395.
Все зависит вида неустойки (зачетная. штрафная) и от формулировки договора.
Короче нюансов масса. и нельзя Вам помоч только на основании предоставленной Вами информации.
покажите договор толковому юристу.