Проверяется ли судьей обоснованность и правдивость доводов ответчика? см. внутри

Безусловно. Судья обязан, в случае отсутствия стороны в судебном заседании, огласить письменный отзыв, ходататйства и т. д. присланные (поданные) сторой. Кроме того, отказывая в иске в связи с пропуском срока исковой давности, судья в решении должен сослаться на доказательства этого. Т. е. доказательства письменные или доказтельства косьвенные, которые в совокупности могут с полной достоверностью свидетельствовать о каком-либо акте (действии) . В Вашем случае, необходимо ознакомится с гражданским делом, и удостовериться, что судья сослался в решении на документ, подтверждающий срок пропуска обращения в суд с иском. Если такие доказательства отсутствуют, то решение может быть обжаловано в вышест оящий суд в течении десятей с момента его вынесния. И я уверена, решение будет отменено.

Уважаемый Алексей из вашего пояснения не слишком понятно- кто Ответчик, а кто Истец. В соответствии с гл. 25 ГПК РФ Заявитель обжалует не законное решение гос. органов и т. д. , т. е. предполагается заявительный характер, где Ваш оппонент должен быть заинтересованным лицом, чье решение обжалуется. В данном случае бремя доказывания лежит на гос. органе (должностном лице) . Из вашего письма видно, что был нарушен порядок подачи заявления и его принятия к производству. В данном случае судебный акт подлежит отмене с разъяснением о возможности повторной подачи такого заявления, причем срок подачи заявления, жалобы приостанавливается.