имеет юридическую силу или нет?

Какой честный подрядчик.. .
Само по себе письмо никакой юридической силы не имеет, т. к. работы считаются принятыми с момента подписания акта сторонами ( ст. ст. 720, 753 ГК РФ) .
Думаю, что сторонам лучше подписать доп. соглашение о признании утратившим силу акта, подрядчик устранит недостатки за свой счет и стороны подпишут новый акт.
Это формально. А фактически, если между сторонами такие отношения, что подрядчик сам признает недостатки, то что ему мешает просто их устранить? Но, безусловно, это вопрос доверия.

писмо законно. если акт будет признан недействительным то будет считаться что подрядчик не выполнил контракт по вине. но для признания акта недействительным вроде должна быть созданна комиссия типа той что принимала обьект..

работы приняты. Все то, что указано в акте принято с отменить это не получится так просто.
Но если у него есть пртензии по качеству работ, то обратиться с требованиями об устранении нарушений он может (ст. 723 ГК РФ) .

Позиции судов на этот счет разные, но вся суть в том, насколько будет все доказано. Например:

Информационное письмо Президиума ВАС РФ от 24.01.2000 N 51 "Обзор практики разрешения споров по договору строительного подряда"
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 08.06.2009 по делу N А56-17892/2008
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 20.10.2009 по делу N А10-3650/2008

на мой взгляд это возможно по веским основаниям