можно ли за неуплату пени насчитать проценты за пользование чужими денежными средствами?

Вам Татьяна Н объяснила правильно. Пени - предусмотренная договором ответственность за нарушение ден. обязательства, а вы на них (договорные пени) еще хотите законную неустойку по ст. 395 ГК РФ начислить. Вам же др. фирма должны были не пени заплатить, а деньги вовремя. Вот на этот долг только и начисляйте.
Иначе, исходя из вашей логики, на долг начислите пени по договору, на пени по ст. 395 ГК РФ законную неустойку, а на нее тоже можно че-нить начислить. И так до бесконечности.... Понимаете, что нелогично получается?: -)

Кстати, суд вправе уменьшить размер неустойки по ст. 333 ГК РФ. Так что озоботьтесь лучше сбором доказательств что начисленные и выставленные вами пени соразмерны нарушению ваших прав.
Статья 333. Уменьшение неустойки

Если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд вправе уменьшить неустойку.
Правила настоящей статьи не затрагивают права должника на уменьшение размера его ответственности на основании статьи 404 настоящего Кодекса и права кредитора на возмещение убытков в случаях, предусмотренных статьей 394 настоящего Кодекса.

Если это было обусловлено договором.

Да, ст. 395 ГК РФ.

п. 23, 24 интересны в этом пленуме
В том случае, когда обязанность денежного возмещения убытков или причиненного вреда в определенном размере установлена вступившим в законную силу судебным актом или соглашением сторон, речь идет о стандартном денежном обязательстве, последствия просрочки исполнения которого ничем не отличаются от последствий такого же нарушения всякого иного денежного обязательства (постановление Пленумов ВС РФ и ВАС РФ от 08.10.1998 N 13/14, п. 23, 24).

вариант через индексацию (ст. 183 АПК) ...не надежный

Статья 183. Индексация присужденных денежных сумм
1. Арбитражный суд первой инстанции, рассмотревший дело, производит по заявлению взыскателя индексацию присужденных судом денежных сумм на день исполнения решения суда в случаях и в размерах, которые предусмотрены федеральным законом или договором.

Из пункта 6 Постановления Пленума Верховного Суда № 13 и Пленума Высшего Арбитражного Суда № 14 от 08.10.1998 следует, что если в договоре предусмотрена неустойка за нарушение обязательств, то кредитор вправе предъявить требование о применении взыскания неустойки либо процентов за пользование чужими денежными средствами, то есть одной из этих мер ответственности.

Так что вы вправе заявить в суде о взыскании либо неустойки, либо процентов (если договором прямо не предусмотрено, что за нарушение обязательства подлежат взысканию и неустойка, и проценты) .

Высшие суды уже давно все разъяснили и то и другое является ответственностью за неисполнение денежного обязательства

ПЛЕНУМ ВЕРХОВНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
N 13

ПЛЕНУМ ВЫСШЕГО АРБИТРАЖНОГО СУДА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
N 14

ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 8 октября 1998 года

О ПРАКТИКЕ ПРИМЕНЕНИЯ ПОЛОЖЕНИЙ
ГРАЖДАНСКОГО КОДЕКСА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
О ПРОЦЕНТАХ ЗА ПОЛЬЗОВАНИЕ ЧУЖИМИ ДЕНЕЖНЫМИ СРЕДСТВАМИ

Законом либо соглашением сторон может быть предусмотрена обязанность должника уплачивать неустойку (пени) при просрочке исполнения денежного обязательства. В подобных случаях суду следует исходить из того, что кредитор вправе предъявить требование о применении одной из этих мер, не доказывая факта и размера убытков, понесенных им при неисполнении денежного обязательства, если иное прямо не предусмотрено законом или договором.

Пени - это способ обеспечения исполнения обязательств. Эти денежные средства еще не Ваши, следовательно и начислить процеты за пользование ЧУЖИМИ денежными средствами Вы не можете.

нет

Нет. Можно предъявить либо по 395 ГК РФ, ли по договору просчитать пени. Если будете считать все вместе, суд откажет.