В какой ст. ГК сказано, что ...

Вы всё в вопросе смешали в одну кучу. Чистые активы к банкротству отношения не имеют. Это является основанием для ликвидации. Понятие основной капитал в ГК вообще не употребляется.

Вот нормы, которые Вы имели ввиду:

Статья 90. Уставный капитал общества с ограниченной ответственностью

4. Если по окончании второго или каждого последующего финансового года стоимость чистых активов общества с ограниченной ответственностью окажется меньше уставного капитала, общество обязано объявить об уменьшении своего уставного капитала и зарегистрировать его уменьшение в установленном порядке. Если стоимость указанных активов общества становится меньше определенного законом минимального размера уставного капитала, общество подлежит ликвидации.

Статья 99. Уставный капитал акционерного общества
4. Если по окончании второго и каждого последующего финансового года стоимость чистых активов общества окажется меньше уставного капитала, общество обязано объявить и зарегистрировать в установленном порядке уменьшение своего уставного капитала. Если стоимость указанных активов общества становится меньше определенного законом минимального размера уставного капитала (пункт 1 настоящей статьи) , общество подлежит ликвидации.

По З-ну "О банкротстве" основанием для обращения в суд явл. неспособность ю/л уплатить долги, вкл. налоговые и т. д. платежи гос-ву и местным органам, вследствие превышения обязательств должника над его активом или неуд. структуры его баланса.

ни в какой.
Признаки банкротства и обязательность подачи заявлений о банкротстве установлены Федеральным законом от 26 октября 2002 г. N 127-ФЗ "О несостоятельности (банкротстве) "

НЦ===
Статья 3. Признаки банкротства
1. Гражданин считается не способным удовлетворить требования кредиторов по денежным обязательствам и (или) исполнить обязанность по уплате обязательных платежей, если соответствующие обязательства и (или) обязанность не исполнены им в течение трех месяцев с даты, когда они должны были быть исполнены, и если сумма его обязательств превышает стоимость принадлежащего ему имущества.
2. Юридическое лицо считается не способным удовлетворить требования кредиторов по денежным обязательствам и (или) исполнить обязанность по уплате обязательных платежей, если соответствующие обязательства и (или) обязанность не исполнены им в течение трех месяцев с даты, когда они должны были быть исполнены.
3. Положения, предусмотренные пунктами 1 и 2 настоящей статьи, применяются, если иное не установлено настоящим Федеральным законом.

Статья 9. Обязанность должника по подаче заявления должника в арбитражный суд
1. Руководитель должника или индивидуальный предприниматель обязан обратиться с заявлением должника в арбитражный суд в случае, если:
удовлетворение требований одного кредитора или нескольких кредиторов приводит к невозможности исполнения должником денежных обязательств, обязанности по уплате обязательных платежей и (или) иных платежей в полном объеме перед другими кредиторами;
органом должника, уполномоченным в соответствии с учредительными документами должника на принятие решения о ликвидации должника, принято решение об обращении в арбитражный суд с заявлением должника;
органом, уполномоченным собственником имущества должника - унитарного предприятия, принято решение об обращении в арбитражный суд с заявлением должника;
обращение взыскания на имущество должника существенно осложнит или сделает невозможной хозяйственную деятельность должника;
в иных предусмотренных настоящим Федеральным законом случаях.
2. Должник обязан обратиться в арбитражный суд с заявлением должника, если при проведении ликвидации юридического лица установлена невозможность удовлетворения требований кредиторов в полном объеме.
3. Заявление должника должно быть направлено в арбитражный суд в случаях, предусмотренных настоящей статьей, не позднее чем через месяц с даты возникновения соответствующих обстоятельств.

КЦ===
Указанный закон принят во исполнение ст. 65 ГК РФ
НЦ===
Статья 65. Несостоятельность (банкротство) юридического лица

1. Юридическое лицо, за исключением казенного предприятия, учреждения, политической партии и религиозной организации, по решению суда может быть признано несостоятельным (банкротом) . Государственная корпорация может быть признана несостоятельной (банкротом) , если это допускается федеральным законом, предусматривающим ее создание. Фонд не может быть признан несостоятельным (банкротом) , если это установлено законом, предусматривающим создание и деятельность такого фонда.
Признание юридического лица банкротом судом влечет его ликвидацию.
2. Утратил силу.
3. Основания признания судом юридического лица несостоятельным (банкротом) , порядок ликвидации такого юридического лица, а также очередность удовлетворения требований кредиторов устанавливается законом о несостоятельности (банкротстве) .
КЦ===
Предположу, что Вы имели в виду обязанность хозяйственных обществ объявить об уменьшении своего уставного капитала и зарегистрировать его уменьшение в установленном порядке, если стоимость чистых активо по окончании второго и последующих годов станет меньше размера уставного капитала, и если стоимость указанных активов общества становится меньше определенного законом минимального размера уставного капитала, общество подлежит ликвидации.
Но это уже совсем другая история.
Удачи

Нет такой статьи в ГК РФ, основания и порядок признания предприятия банкротом регулируются нормами ФЗ о банкротстве и АПК РФ.