заказчик отказался от заказа через 2 дня после, полученной предоплаты, были куплены материалы, как быть?

заказчик как я понимаю не вы? значит оставляете себе предоплату а если он меньше чем вы понесли убытки то обращайтесь в суд за выплатой вам понесенных убытков. но для начала ему претензию письменную с предложением оплатить вам эту сумму

Предоплату оставлять себе, материалы - заказчику...

договоренность была или договор? там посмотреть. если нет то требуйте неустойку.

Многое зависит от того, как был составлен договор, какие обязанности сторон. Если Вы получили предоплату, значит получили часть дохода и обязаны заплатить налог. Чтобы Вам не предъявили недоимку по налогу, необходимо грамотно оформить расторжение договора, акты и др. документы, желательно мирным путём, иначе придёться через суд, что не выгодно обеим сторонам. Всё должно отразиться в отчётах.

Закон говорит, что потребитель в случае обнаружения в товаре недостатков, если они не были оговорены продавцом, по своему выбору вправе:
потребовать замены на товар этой же марки (этих же модели и (или) артикула) ;
потребовать замены на такой же товар другой марки (модели, артикула) с соответствующим перерасчетом покупной цены;
потребовать соразмерного уменьшения покупной цены;
потребовать незамедлительного безвозмездного устранения недостатков товара или возмещения расходов на их исправление потребителем или третьим лицом;
отказаться от исполнения договора купли-продажи и потребовать возврата уплаченной за товар суммы. По требованию продавца и за его счет потребитель должен возвратить товар с недостатками.

Требование о замене должно быть исполнено в течение 7 дней с момента предъявления требования, а в случае необходимости дополнительной проверки качества (экспертизы) – в течение 20 дней.
Если у продавца (изготовителя, уполномоченной организации или уполномоченного индивидуального предпринимателя, импортера) в момент предъявления требования отсутствует необходимый для замены товар, замена должна быть проведена в течение месяца со дня предъявления такого требования