Кому принадлежат фрукты, если деревья растут во дворе одного соседа, а ветки с плодами находятся у другого соседа?

На то Вы и Василиса Премудрая чтобы решить этот вопрос с соседом полюбовно. Не жадничайте, Ваше дерево почему-то стало осваивать территорию соседа. Значит оно решило поделиться своими плодами с ним. А если для Вас это не приемлемо, то спилите это яблоко раздора, но прежде посоветуйтесь с соседом через забор раз через калитку он к себе не впускает. Это его право. Вы своим деревом вторглись на его территорию, отсюда и последствия. Не доводите дело до суда. Сосед процесс выиграет. Но вполне возможно, что при нормальном разговоре общий язык вы найдёте.
Когда писал ответ, то думал что Ваше дерево мешает соседу, а оказалось наоборот. Значит и поступайте наперекор моим рекомендациям. Говорят, не выбирай дачу, выбирай соседа. Все права на Вашей стороне.

Твоя территория - пускать не обязан. Но и фрукты не твои. Пусть гниют.
Спилить самому нельзя. Он должен сам спилить.
Законодательно такая мышиная возня не регулируется.

Фазенда.
Страдания Изауры и дона Педро.
Вы и вправду там делите плоды?
Дождитесь осени и ветра, тогда на его земле образуется находка.
Ешьте свои, а он будет есть свои..

Фрукты - хозяина дерева! Крону надо сформировать так, чтобы она не мешала соседу!
Есть общие рекомендации: деревья высаживают на расстоянии не менее 6 метров от границы с соседним участком, кусты - 1 метр.

Дождитесь сентября. Тогда должны быть окончательно приняты поправки в Гражданский кодекс (прошло пока только первое чтение) , которые урегулируют ваш вопрос. Пока проект поправок такой:
"Статья 294. Содержание соседских прав.
2. Собственник земельного участка имеет право, если соглашением с
собственником (владельцем) соседнего земельного участка не предусмотрено иное:
собирать плоды, упавшие на земельный участок с дерева или куста,
расположенного на соседнем участке;
срезать и оставлять себе препятствующие использованию земельного участка
корни дерева или куста, проникшие с соседнего участка;
требовать от собственника соседнего участка, чтобы он своими действиями не
изменял притока света на земельный участок и не сужал открывающегося с него
вида, если это выходит за разумные пределы"

Т. е. фрукты ваши, корни (и, надеюсь в окончательном варианте будут еще и ветки) срубить. Либо требовать от соседа, чтобы спилил ветки сам (чтобы не затенял участок).

ооо, классика. Я вижу, что прошло 4 года, но я просто не могу пройти мимо. Прямо этот вопрос в гражданском кодексе, конечно, не урегулирован (иначе бы его объем возрос с 1,5 тысяч статей еще раз в 10). Подзаконные и технические акты (СНИПЫ...) тут тоже не нужны. Только теория права собственности.
Я скажу так - в пределах поверхности принадлежащего ему участка собственник последнего является и хозяином того воздушного пространства (в рамках разумного), который поднимается над его землею.
Все это проистекает из содержания права собственности - 209 ГК

Фрукты конечно принадлежат тому соседу на чьей территории дерево.

Если они упадут на вашу сторону, то ваши. Кажется.