Есть ли строгие сроки регистрации договора? А если есть такие сроки, то при пропуске их какие предусмотрены санкции?

Договор действует до момента исполнения сторонами своих обязательств по нему надлежащим образом, т. е. продавцом обязанности по передаче товара, покупателем - его оплате, и сторонами - выполнении санкций.
Статья 425. Действие договора
1. Договор вступает в силу и становится обязательным для сторон с момента его заключения.

3. Законом или договором может быть предусмотрено, что окончание срока действия договора влечет прекращение обязательств сторон по договору.
Договор, в котором отсутствует такое условие, признается действующим до определенного в нем момента окончания исполнения сторонами обязательства.
4. Окончание срока действия договора не освобождает стороны от ответственности за его нарушение.

Сроки давности все равно прошли (3 года) .

Если в тексте договора четко не указано, что стороны договорились в будущем заключить договор, по которому ...то такой договор нельзя считать предварительным, это основной договор.

Хотя момент перехода права собственности в договоре не определен, действует общее правило - в момент передачи товара (ст. 223, 458).
Статья 223. Момент возникновения права собственности у приобретателя по договору
1. Право собственности у приобретателя вещи по договору возникает с момента ее передачи, если иное не предусмотрено законом или договором.

Статья 458. Момент исполнения обязанности продавца передать товар
1. Если иное не предусмотрено договором купли-продажи, обязанность продавца передать товар покупателю считается исполненной в момент:
вручения товара покупателю или указанному им лицу, если договором предусмотрена обязанность продавца по доставке товара;

Если такого товара нет - возмещение убытков (хотя опять же сроки давности прошли)
предоставления товара в распоряжение покупателя, если товар должен быть передан покупателю или указанному им лицу в месте нахождения товара. Товар считается предоставленным в распоряжение покупателя, когда к сроку, предусмотренному договором, товар готов к передаче в надлежащем месте и покупатель в соответствии с условиями договора осведомлен о готовности товара к передаче. Товар не признается готовым к передаче, если он не идентифицирован для целей договора путем маркировки или иным образом.
Статья 314. Срок исполнения обязательства
1. Если обязательство предусматривает или позволяет определить день его исполнения или период времени, в течение которого оно должно быть исполнено, обязательство подлежит исполнению в этот день или, соответственно, в любой момент в пределах такого периода.
2. В случаях, когда обязательство не предусматривает срок его исполнения и не содержит условий, позволяющих определить этот срок, оно должно быть исполнено в разумный срок после возникновения обязательства.
Обязательство, не исполненное в разумный срок, а равно обязательство, срок исполнения которого определен моментом востребования, должник обязан исполнить в семидневный срок со дня предъявления кредитором требования о его исполнении, если обязанность исполнения в другой срок не вытекает из закона, иных правовых актов, условий обязательства, обычаев делового оборота или существа обязательства.
Если в договре не оговорен срок передачи товара или иной срок действия договора, то договор действует и сейчас. Статья 314. Срок исполнения обязательства
1. Если обязательство предусматривает или позволяет определить день его исполнения или период времени, в течение которого оно должно быть исполнено, обязательство подлежит исполнению в этот день или, соответственно, в любой момент в пределах такого периода.
2. В случаях, когда обязательство не предусматривает срок его исполнения и не содержит условий, позволяющих определить этот срок, оно должно быть исполнено в разумный срок после возникновения обязательства.
Обязательство, не исполненное

На основании чего, какого НПА вы регистрируете каждый договор в комитете казначейства?