Помогите разобраться с догвором займа? Выплатили сполна уже и ещё требуют! Иск о расторжении или что? Ситуация ниже

Это только в арбитраж. Требовать признать договор "кабальной сделкой". Лучше, чтобы вы первые подали заявление.

Вам только в суд.
Суд уж точно не будет смотреть на то, что у них штрафы по миллиону, а если они превышают сумму долга вообще требуйте применения ст. 333 ГК РФ.
иного пути нет, если они не хотят вам идти на встречу.

Это обычная практика в банковской сфере - сначала погашаются штрафы и неустойки, потом проценты по кредиту, и последним - основной долг. Однако, сумма штрафа что-то больно уж здорова - можно пытаться оспорить такое условие в суде, надо понимать, какая сумма займа, какова тяжесть нарушения (важность документа и величина просрочки) и т. п.

По договору займа оплачиваются пени и % в первую очередь а потом идет погвшение основного долга

Уважаемый Эдуард!
Вы попали в ситуацию, когда экономия на юристах вышла для вашей организации боком.

Ситуация Ваша - обыденность.. . Изучайте нормы законодательства и судебную практику по Вашему вопросу - ТОЛЬКО ПОСЛЕ ЭТОГО обращайтесь в суд, в противном случае и в суде проиграете.
Вот одно из интересных постановлений (СПС "Консультант Плюс") по Вашей ситуации:
ПОСТАНОВЛЕНИЕ ФАС СКО от 28.11.2006 N Ф08-6077/2006(1) по делу N А53-9520/2006-СЗ-43
Суд разъяснил, что ст. 319 ГК РФ под процентами, погашаемыми ранее основной суммы долга, подразумевает проценты за пользование денежными средствами, подлежащие уплате по денежному обязательству, по основаниям, не связанным с его нарушением (в частности проценты за пользование суммой займа, кредита, аванса, предварительной оплаты) . Порядок погашения санкций за неисполнение или просрочку в исполнении денежного обязательства данная норма не регулирует. Санкции за неисполнение или просрочку исполнения денежного обязательства в порядке, предусмотренном указанной статьей, погашению не подлежат. Взыскание в первую очередь неустойки затрудняет исполнение основного обязательства и искусственно увеличивает задолженность, что противоречит обеспечительной природе неустойки.

1. Что же у вас за такие хорошие юристы?
Критериями для установления несоразмерности в каждом конкретном случае могут быть: чрезмерно высокий процент неустойки; значительное превышение суммы неустойки суммы возможных убытков, вызванных нарушением обязательств; длительность неисполнения обязательств и др.
2) Скиньте договор на мыло