Новый винчестер первоначально отформатированный в Fat32 производителем по умолчанию хочу отформатировать в NTFS

Без разницы, чем удобней - тем и делай.

нормально. сторонний софт "лучше" не отформотирует.

если диск новый, то он не должен быть форматированным, нет разделов - нет файловой системы. создать разделы и форматнуть их можно любым установочным диском с ОС, разработчики постарались.

Характеристики FAT FAT32 NTFS
Максимальный размер тома 2 Гбайт 4 Тбайт 16 Эбайт
Максимальный размер файла 2 Гбайт 4 Тбайт 16 Эбайт
Максимальное количество файлов
в корневом каталоге 512 Не огр. Не огр.
Максимальное количество файлов
в некорневом каталоге 65535 Не огр. Не огр.
Безопасность на уровне файлов Нет Нет Да
Поддержка длинных имен файлов Нет Да Да
Самовосстановление Нет Да Да
Ведение журналов транзакций Нет Нет Да
Сжатие на уровне файлов Нет Нет Да

FAT - плюсы:
Для эффективной работы требуется немного оперативной памяти.
Быстрая работа с малыми и средними каталогами.
Диск совершает в среднем меньшее количество движений головок (в сравнении с NTFS).
Эффективная работа на медленных дисках.
FAT - минусы:
Катастрофическая потеря быстродействия с увеличением фрагментации, особенно для больших дисков (только FAT32).
Сложности с произвольным доступом к большим (скажем, 10% и более от размера диска) файлам.
Очень медленная работа с каталогами, содержащими большое количество файлов.
NTFS - плюсы:
Фрагментация файлов не имеет практически никаких последствий для самой файловой системы - работа фрагментированной системы ухудшается только с точки зрения доступа к самим данным файлов.
Сложность структуры каталогов и число файлов в одном каталоге также не чинит особых препятствий быстродействию.
Быстрый доступ к произвольному фрагменту файла (например, редактирование больших .wav файлов) .
Очень быстрый доступ к маленьким файлам (несколько сотен байт) - весь файл находится в том же месте, где и системные данные (запись MFT).
NTFS - минусы:
Существенные требования к памяти системы (64 Мбайт - абсолютный минимум, лучше - больше) .
Медленные диски и контроллеры без Bus Mastering сильно снижают быстродействие NTFS.
Работа с каталогами средних размеров затруднена тем, что они почти всегда фрагментированы.
Диск, долго работающий в заполненном на 80% - 90% состоянии, будет показывать крайне низкое быстродействие.

в этом проблема не большая когда меняеш формат менял и не рас и какие хочеш фарматы ставил так што не боись