SATA и SATA-II чем отличаются?

Да, работать будут.

Первоначально стандарт SATA предусматривал работу шины на частоте 1,5 ГГц, обеспечивающей пропускную способность приблизительно в 1,2 Гбит/с (150 МБ/с) . (20%-я потеря производительности объясняется использованием системы кодирования 8B/10B, при которой на каждые 8 бит полезной информации приходится 2 служебных бита) . Пропускная способность SATA/150 незначительно выше пропускной способности шины Ultra ATA (UDMA/133). Главным преимуществом SATA перед PATA является использование последовательной шины вместо параллельной. Несмотря на то, что последовательный способ обмена принципиально медленнее параллельного, в данном случае это компенсируется возможностью работы на более высоких частотах за счет большей помехоустойчивости кабеля. Это достигается меньшим числом проводников и объединением информационных проводников в две витые пары, экранированные заземленными проводниками.

Стандарт SATA/300 (SATA II) работает на частоте 3 ГГц, обеспечивает пропускную способность до 2,4 Гбит/с (300 МБ/с) . Впервые был реализован в контроллере чипсета nForce 4 фирмы «NVIDIA». Часто стандарт SATA/300 называют SATA II или SATA 2.0. Теоретически устройства SATA/150 и SATA/300 должны быть совместимы (как контроллер SATA/300 с устройством SATA/150, так и контроллер SATA/150 с устройством SATA/300) за счёт поддержки согласования скоростей (в меньшую сторону) , однако для некоторых устройств и контроллеров требуется ручное выставление режима работы (например, на НЖМД фирмы «Seagate», поддерживающих SATA/300, для принудительного включения режима SATA/150 предусмотрен специальный джампер).

сата это широкий и огромный разьем.
сата 2 это узенький маленький всег 6 контактов

SATA 1 - пропускная способность 150 мегов в сек.
SATA 2 - пропускная способность 300 мегов в сек. Разъёмы абсолютно идентичны! Для бокса Transcend StoreJet 2.5 SATA берите ноутбучный
HDD SATA форм фактора 2.5 дюйма.
Например: 2.5" 320.0 Gb WD3200BEKT Scorpio Black (SATA II)
2.5" 320.0 Gb Fujitsu MHZ2320BH (SATA II)
2.5" 320.0 Gb Seagate Momentus ST9320320AS (SATA II)
2.5" 500.0 Gb Samsung SpinPoint M6 HM500LI (SATA II)

нет, бокс на 2.5 а винт скорее всего на 3.5

Не корректно задан вопрос.
Если для бокса то да.