Насколько по статусу в РФ автономные округа отличаются от республик?

Статья 66 Конституции 1. Статус республики определяется Конституцией РФ и конституцией республики.
2. Статус края, области, города федерального значения, автономной области, автономного округа определяется Конституцией РФ и уставом края, области, города федерального значения, автономной области, автономного округа, принимаемым законодательным (представительным) органом соответствующего субъекта Российской Федерации.
3. По представлению законодательных и исполнительных органов автономной области, автономного округа может быть принят ФЗ об автономной области, автономном округе.
4. Отношения автономных округов, входящих в состав края или области, могут регулироваться федеральным законом и договором между органами государственной власти автономного округа и, соответственно, органами государственной власти края или области.
5. Статус субъекта РФ может быть изменен по взаимному согласию РФ и субъекта Российской Федерации в соответствии с федеральным конституционным законом.

О толковании части 4 статьи 66 Конституции РФ см. Постановление Конституционного Суда РФ от 14.07.1997 N12-п
Вхождение автономного округа в состав края, означает такое конституционно - правовое состояние, при котором автономный округ, будучи равноправным субъектом РФ, одновременно составляет часть другого субъекта РФ - края или области. Это состояние определяет особенности статуса как автономного округа, так и края, области, в состав которых он входит. Их взаимоотношения отличаются от их отношений с другими субъектами РФ: "вхождение" предопределяет обязанность органов государственной власти обоих равноправных субъектов РФ обеспечивать сохранение территориальной целостности и единства в интересах населения края, области.
Вхождение автономного округа в состав края, области не изменяет их конституционно - правовой природы как субъектов РФ и не означает, что автономный округ утрачивает элементы своего статуса - территорию, население, систему государственных органов, устав, законодательство и т. п. "Вхождение" не умаляет статуса автономного округа как равноправного субъекта РФ, поскольку он вправе по своему усмотрению распоряжаться тем объемом полномочий, которые предоставлены ему Конституцией РФ.