При смене нижних венцов в старинном рубленом доме штукатурка по драни со стен и потолка обвалится? А обшивка пластиковы

А сами-то как думаете? Для смены венцов будите его домкратить либо "стулья" ставить и разбирать частично цоколь. Балки пола скорее всего врублены между первым и вторым венцом, это как раз те венцы, что пойдут на замену. Ровно поддомкратить все венцы у вас вряд ли получится, будут перекосы со всеми вытекающими. Если будете закреплять его стульями (а по-сути теми же домкратами) , то после смены венцов будете его опускать на новый цоколь, вряд ли он у вас сядет без перкосов. Работать конечно можно аккуратно, но без перкосов ни в первом, ни во втором случае не обойтись, разрушения конечно можо свести к минимуму, но вот совсем без них не получится. И полы.... ну куда тут денешся если балки врублены в нижние венцы которые на замену идут.

А Вам так приспичило именно венцы на венцы менять? Попробуйте частями подводить керамзитовые мелкоштучные стеновые блоки, вырезая фрагменты венцов, с зачеканкой опорной части безусадочными составами. Наращиваете цоколь. Тем более что судя по фото окружающий рельеф "поднялся".

Вы уверены, что на фото именно ДОМ? Больше на склад при ж/д станции похоже. Которым он, видимо, и является

То, что внутренние перегородки сместятся относительно наружних стен - это естественно. А вот что касается отделки наружних стен, тут Вам гарантии конечно никто не даст - может повезёт, а может и нет.