Скажите, как поступить если при составлении сметы на ремонт определённой комнаты,

Такого пункта не должно быть, это чисто навязанные чаевые. На любые дополнительные расходы должен быть расходный товарный чек.

то что описали в первом ответе - это так и называется - расходные материалы... это средства индивидуальной защиты, быстроизнашиваемая или одноразовая оснастка, инструментальные метизы, малярные принадлежности и т. п....
А непредвиденные расходы -не корректная трактовка.. есть - непредвиденные или незапланированные работы.. те дополнительные работы которые трудно просчитать на начальном этапе но которые всегда всплывают в процессе работы...

акт выполненных работ должен быть уже с обоснованием этих расходов

сверла и прочее написанное к ним не относятся...

Принимать работы по акту выполненных работ и оплачивать соответственно. При приемке любое отклонение от сметы должно быть обосновано, в т. ч. входит в непредвиденные или нет. Ни каких абстрактных позиций быть не должно.

да они там выдумают в договоре пунктов, для них главное сумму ремонта содрать побольше.. надо сразу было вычеркнуть этот пункт и сказать ели будут непредвиденные расходы оформим доп. соглашением к договору. А если уже оплатили, тогда не чего и думать.

Если вдруг чего то не хватит, потом по чекам отчитаются

это не нормально...
в случае возникновения непредвиденных расходов и доп. работ - все согласовывается с заказчиком и оплачивается им как конкретный материал/вид работ - отдельно от общей сметы...
а такой вариант как вам предлагают - колхоз... смысл согласовывать смету, если есть пункт "на всякий случай еще немного денег.... "))))))))

Это берут на "расходники"...Свёрла, кисти крепёж.. и так далее,

Сверху уже расписали. Расходные материалы и т. п. А ваши материалы в смете занесены как Материалы Заказчика и должны вычитаться, точнее не включаться в стоимость