Есть требование от налоговой->ООО на возврат НДС в размере 2,5 млн. руб и пени за просрочку возврата в размере 300 т. р. ->

Уголовное дело возбуждается в отношении либо руководителя, либо бухгалтера организации и список правонарушений, отнесенных к экономическим преступлениям не особенно велик. У организаций это преднамеренное (фиктивное) банкротство, уклонение от уплаты налогов (ст. 199 УК) и неисполнение обязанностей налогового агента (ст. 199.1 УК) . Чтобы возбудить дело об уклонении от уплаты налогов необходимо, чтобы организация не представила документы, либо представила заведомо ложные сведения. Читаем:
"Уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с организации путем непредставления налоговой декларации или иных документов, представление которых в соответствии с законодательством Российской Федерации о налогах и сборах является обязательным, либо путем включения в налоговую декларацию или такие документы заведомо ложных сведений.... ".
В случае неполной уплаты налога по требованию признаков уголовного преступления вроде бы не прослеживается.. .
В случае неуплаты полной суммы к установленному требованием сроку инкассовое поручение будет направлено обязательно (ст. 46 НК РФ) , а операции по всем счетам будут приостановлены (ст. 76 НК РФ) в пределах суммы неуплаченного налога и пени.
По истечение определенного времени (обычно, это месяц) налоговая инспекция запрашивает сведения о движении средств по счетам и, если их не было, выносит решение о взыскании задолженности за счет имущества должника (ст. 47 НК РФ) . Далее работают приставы, а они имеют право наложить арест не только на счета, но и на продукцию, запасы, основные средства - вплоть до компьютеров на столах.. .
Если и они взыскать сумму не смогут (ну нет имущества и денег нет) , то налоговая инспекция имеет право подать в суд заявление о признании ООО банкротом (сумма задолженности должна быть более 100 тыс. руб. - здесь значительно больше -и пройти с образования задолженности более 3-х месяцев) . На действующих предприятиях, как правило, сначала вводят процедуру наблюдения на 6 месяцев; погасить долг можно и тогда дело завершается и ООО продолжает работу (было и такое по опыту) . Не может - процедура конкурсного производства на год (но и в этом случае имеется возможность погасить задолженность, правда, делать это будет назначенный со стороны арбитражный управляющий - и продавать для этого все имущество) . До этого лучше не доводить.
То есть максимально, что может сделать налоговая - довести дело до банкротства.

разбираться надо