Может ли суд отказать в прекращении уголовного дела, в связи с примирением сторон?

И откажет

через ходатайство сторон или до суда за примирением

и может и откажет.

Да, суд может отказать в прекращении уголовного дела в связи с примирением сторон, даже если это уголовное деяние было совершено впервые и ущерб был возмещен. Но решение о прекращении уголовного дела по данному основанию принимается судом на основании уголовно-процессуального законодательства РФ.

Судья может отказать в прекращении дела, если, например, обвиняемый не признал свою вину в совершении преступления или если это преступление является общественно опасным и требует обязательного привлечения к уголовной ответственности. Также могут быть другие законные основания для отказа в прекращении дела, например, если преступление связано с насилием или тяжкими последствиями для потерпевшего.

Если в данном случае суд решит отказать в прекращении дела, он будет продолжать свое движение в судебном порядке, и суд будет вынужден рассмотреть все обстоятельства дела и принять соответствующее решение в соответствии с законодательством РФ.

Может, потому что прекратить уголовное преследование за примирением сторон право суда, а не обязанность, статья прямо об этом и говорит: может быть освобождено от уголовной ответственности, это есть и в ст. 76 УК РФ, и в ст. 25 УПК РФ(Суд вправе на основании заявления потерпевшего или его законного представителя прекратить уголовное дело.....)
.

вероятность существует.
но кому-то придётся оплатить ВСЕ издержки, которые понесла судебная система.

(Вы могли бы договориться и ДО того как обратились в суд,но почему-то_ _ т-о-л-ь-к-о в процессе следственных действий наконец-то договорились со стороной которой были предъявлены обвинения)