Про банкротство ...

имеет. она такой же кредитор (государство) как и иные ЮЛ

Скорее всего у вас общество с ограниченной ответственностью. Будем считать, что так.
Во-первых, уменьшайте уставный капитал Общества решением учредителя (-ей) до минимального (до 10 000 рублей) . Если нет такой возможности (уставный капистал равен 10 000 рублей) - увеличивайте уставный капитал до необходимого размера посредством передачи обществу любого имущества (автомобиль, компьютер, чайный сервиз, патент на полезную модель и так далее) . В этом случае удобно то, что стоимость имущества оценивает сам учредитель общества. Если и это невозможно - забейте на организацию, она мертва. Регистрируйте на номиналов несколько ООО и выводите активы. Выводите деньги с расчетных счетов в банке. Иначе все разойдется под чутким руководством "заряженного" кредиторами конкурсного управляющего.
Дело о банкротстве в соответствии со п. 2, п. 3 ст. 6 ФЗ "О несостоятельности (банкротстве) может быть возбуждено арбитражным судом при условии, что требования к должнику - юридическому лицу в совокупности составляют не менее ста тысяч рублей, к должнику - гражданину - не менее десяти тысяч рублей, а также имеются признаки банкротства, установленные статьей 3 настоящего Федерального закона.
3. Для возбуждения дела о банкротстве по заявлению конкурсного кредитора, а также по заявлению уполномоченного органа по денежным обязательствам. Уполномоченным органом признается так же Налоговая служба и/или наша доблестная таможня. Обращаю Ваше внимание, что денежные требования В СОВОКУПНОСТИ, т. е. по ВСЕМ должникам, должны превышать 100 000 рублей.

Что касается расхождения чистых активов и уставного капитала:
п. 3 ст. 20 ФЗ "Об обществах с ограниченной ответственностью" говорит следующее: "Если по окончании второго и каждого последующего финансового года стоимость чистых активов общества окажется меньше его уставного капитала, общество обязано объявить об уменьшении своего уставного капитала до размера, не превышающего стоимости его чистых активов, и зарегистрировать такое уменьшение в установленном порядке.
Если по окончании второго и каждого последующего финансового года стоимость чистых активов общества окажется меньше минимального размера уставного капитала, установленного настоящим Федеральным законом на дату государственной регистрации общества, общество подлежит ликвидации. "
То есть налоговики имеют в виду в том числе ликвидацию общества. Суть одна - и в случае банкротства, и в случае ликвидации активы общества распределяются конкурсным управляющим между кредиторами общества.
Так что выводите активы.