Выдержка алкоголя считается пока оно было в бочке или разлитое и упакованое тоже?

Крепкие 40-градусные дистилляты только в бочке, после купажа и разбавления им дают некоторое время отдохнуть. Предел выдержки - 75лет для коньячных спиртов.
А вот вино в бочке долго не держат, максимум 3 года для сухих, и до 8 лет для некоторых категорий портвейнов.
В регионе Риоха в Испании любят большую выдержку, регламентируется как время выдержки в бочке, так и в бутылке.
Ховен - не регламентируется, можно продавать со следующего года после урожая
крианца - не менее 2 лет, из них не менее года в дубе
резерва - не менее 3 лет, из них не менее года в дубе и не менее года в бутылке
гран резерва - не менее 5 лет, из них не менее 2 в дубе и не менее 3 в бутылке

Чаще всего только в бочках.

Смотря какой алкоголь, если это коньяк или виски, то он набирает терпкость когда стоит в бочке, соответственно выдержка считается только в бочке, вина осветляются и дозревают в бутылках, в бочке их выдерживают ровно столько сколько нужно по технологии, соответственно срок выдержки вин начинается с момента розлива в бутылки, но на бутылке при этом указывается год урожая, то есть сбора винограда.
если говорить про промышленное производства, то там никаких бочек конечно же нет, в лучшем случае металлические емкости с внутренними перегородками из дуба.

только в бочке

Это зависит от того, что за алкоголь. Если крепкий - то только в бочке. Если вина, или предположим некоторые сорта крепкого пива, то и в бутылках бродит. Только это должны быть определённые сорта и в определённых условиях.

В бочке