как правильно говорить выпил рюмку коньяку или коньяка

У лингвистов есть основания считать, что падежей в русском языке больше шести. Внутри родительного падежа есть формы с особым окончанием -у, -ю и значением ограниченного количества: чашка чаю, положить сахару, выпить коньякУ. И окончание, и значение этих форм отличается от собственно родительного падежа, ср. : плантации чая, производство коньяка – здесь окончание -а, -я и никакого количественного значения нет.

рюмочку коньякА

Здесь то же самое, что и в случае "из леса" и "из лесу". Я когда-то давал ссылку на сайт в котором обсуждался вопрос о пропавших в русском языке падежах. Так вот в данном случае это разные падежи "из лесу" и "рюмка коньяку" соответствуют такому падежу, который в финском языке, например, называется партитивом, т. е. частичным падежом. Смысл его в том, что он говорит о частичной определенности объекта - "из лесу" - значит из какого-то, неопределённого леса. Рюмка коньяку - рюмка какого-то коньяка. В противоположность - вышел из леса - вот из этого, известного леса. Рюмка конька - того, о котором знают и говорящий и слушающий.
Правда чётких границ уже нет, и обычно считаются допустимыми обе формы.

_________________

Выпил коньяк. Целую рюмку!

Выпил бутылку конины! Вот это правильно)

Рюмку коньяка. А если бутылку, то уже пофиг как говорить..)))

и так, и так можно по правилам