Налоговая отказывается возвращать вычет ндфл по учебе, на основании что оплата была проведена в 2 этапа

Если оплата была произведена в том году, в отношении которого Вы предоставляете декларацию и заявляете вычет, количество этапов оплаты не имеет значения (хоть десять раз! но в одном году) . Следовательно, отказ не правомерен.
Если в разных - декларация нужна не одна. Тогда все правильно.
Вы оплату как производили?
P.S. А вообще, оплата в несколько этапов не может служить причиной для отказа в вычете. Только предъявление неполного пакета документов или их неверное оформление.

Налоговая в этом отношении смотрит на дату проплаты, указанную в квитанциях (платежных поручениях или чеках) .
Если вы внесли вторую оплату 01 января, то вам надо будет подавать две декларации.
Посмотрите на дату!

И если вы уверены в своей правоте - звоните в налоговую (лучше позвонить - на телефонные звонки они отвечают более адекватно)

Мне по-крайней мере телефонные звонки помогают )

Скорее всего произошла какая-то техническая ошибка и вас попросят написать еще одно заявление и приложить к нему копии квитанций об оплате.

Бред!! !
количество квитанций на получение вычета не влияет. если дата квитенций относятся к годам, за которые декларируетесь - то они не имею права отказать. если все же не хотят - пишите заявление (жалобу) на начальника налоговой. и подробно излагайте суть с уточнением фамилии того, кто вам отказал и мотивацией отказа, жел-но с приложением копий всех документов, подтверждающих, что Вы правы!