Является ли счет, высланный по факсу или email, основанием для оплаты? Желательно ссылки на источник.

Ой, ссылку сейчас не найду, около четырех лет назад электронный документооборот привели в соответствие с международным, даже международные Договора стало можно заключать по электронной почте.
P.S. Собственно СЧЕТ не ахти какой важный документ, если по голосу узнаете человека, с которым уже имели дело- вполне достаточно. Документом бухгалтерской отчетности будет как раз уже Счет-Фактура и чек.
P.S.S. Согласен с Ольгой, которая передо мной выступила- счет- собственно не документ, а подтверждение намерений.
Ссылки: Конвенция
Список нормативных актов.

1. Законодательство РФ.
1. Гражданский Кодекс Российской Федерации
2. Закон РФ «Об информации, информатизации и защите информации» от 20.02.95 № 24-ФЗ. (Собрание законодательства РФ. 1995. № 8. Ст. 609.)
3. Закон РФ «Об электронной цифровой подписи» от 10.01.02 №1-ФЗ (Собрание Законодательства РФ. 2002. № 2. Ст. 127).
4. Основы законодательства Российской федерации о нотариате от11.02.93. (Российская газета, № 49, 13.03.1993).
5. Постановление Верховного Совета СССР от 23.05.90 №1511-I о присоединении к Венской конвенции о договорах международной купли-продажи. (Ведомости СССР. 1990. № 23. Ст. 425).
6. Постановление Правительства РФ от 28.01.02 № 65 об утверждении Федеральной Целевой Программы «Электронная Россия (2002 - 2010 годы) » . (Собрание Законодательства РФ. 2002. № 5. Ст. 531).
7. Постановление Пленума ВС РФ № 6, Пленума ВАС РФ N 8 от 01.07.96 «О некоторых вопросах, связанных с применением части первой Гражданского Кодекса РФ» . (Российская газета, N 152, 13.08.96).
2. Зарубежное законодательство.
1. Electronic Communications Act 2000 (GB).
2. Requirements of Writing (Scotland) Act 1995 (GB).
3. Директива Европейского Союза «О некоторых правовых аспектах услуг информационного общества, в частности электронной коммерции, на внутреннем рынке» №2000/31/ЕС от 8 июня 2000 г. (http://europa.eu.int/smartap/cgi/sga_doc 31).
4. Резолюция Генеральной Ассамблеи ООН от 16 декабря 1996 г. N А/51/628 "Типовой закон об электронной торговле, принятый Комиссией Организации Объединенных Наций по праву международной торговли" (ЮНСИТРАЛ) .
Здесь.

Закон. язас НДС 21 глава НК РФ, а как счета-фактуры оформлять- ст. 169 НК РФ

В договоре надо прописать, что факсовые и emailовые документы имеют юридическую силу. У нас даже валютный контроль принимает факсовые договоры, ибо в них прописано такое условие.

Нет. Нужны оригинальные печати и подписи сторон. И вообще.. . счет не является основанием для оплаты- это документ подтверждающий намерение покупателя оплатить приобретённый в будущем товар, если, конечно я правильно поняла вашу сферу работы.
А основанием для оплаты может быть только оригинальный документ.