Обособленное подразделение

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПРИКАЗ
от 5 ноября 2009 г. N 114н
Постановка на учет в налоговом органе организации по месту
нахождения ее обособленного подразделения
4. В случае, если несколько обособленных подразделений организации находятся в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам, постановка организации на учет может быть осуществлена налоговым органом по месту нахождения одного из ее обособленных подразделений, определенному организацией самостоятельно. О выборе указанного налогового органа сообщается организацией . Ст. письменно в тот налоговый орган, в котором может быть осуществлена постановка на учет таких обособленных подразделений на территории одного муниципального образования.
Вы же на территории одного города, никаких недоплат в бюджет в результате. К тому же можете выбирать ИФНС, поэтому ст. 117 НК Вам не грозит. Штраф по ст. 116 НК могут предъявить, так как должны были регистрировать. Его можно попытаться оспорить, потому что обособленное подразделение фактически было зарегистрировано, оно, по-существу, переехало по другому адресу

Статья 113. Срок давности привлечения к ответственности за совершение налогового правонарушения
(в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)

1. Лицо не может быть привлечено к ответственности за совершение налогового правонарушения, если со дня его совершения либо со следующего дня после окончания налогового периода, в течение которого было совершено это правонарушение, и до момента вынесения решения о привлечении к ответственности истекли три года (срок давности) .
(в ред. Федерального закона от 27.07.2006 N 137-ФЗ)
Исчисление срока давности со дня совершения налогового правонарушения применяется в отношении всех налоговых правонарушений, кроме предусмотренных статьями 120 и 122 настоящего Кодекса.
Исчисление срока давности со следующего дня после окончания соответствующего налогового периода применяется в отношении налоговых правонарушений, предусмотренных статьями 120 и 122 настоящего Кодекса.
1.1. Течение срока давности привлечения к ответственности приостанавливается, если лицо, привлекаемое к ответственности за налоговое правонарушение, активно противодействовало проведению выездной налоговой проверки, что стало непреодолимым препятствием для ее проведения и определения налоговыми органами сумм налогов, подлежащих уплате в бюджетную систему Российской Федерации.
Течение срока давности привлечения к ответственности считается приостановленным со дня составления акта, предусмотренного пунктом 3 статьи 91 настоящего Кодекса. В этом случае течение срока давности привлечения к ответственности возобновляется со дня, когда прекратили действие обстоятельства, препятствующие проведению выездной налоговой проверки, и вынесено решение о возобновлении выездной налоговой проверки.