Не согласен с налоговым актом, куда обращаться?

Из Вашего вопроса неясно, идет речь об акте налоговой проверки или об решении о привлечении к налоговой ответственности, которое выносят после рассмотрения материалов акта. На рассмотрение акта Вас должны были пригласить в налоговую инспекцию, где Вы могли предоставить свои возражения. Будем считать, что все таки речь о решении.
Согласно ст. 101.2 НК РФ порядок обжалования решений о привлечении к налоговой ответственности по результатам налоговой проверки (неважно выездной или камеральной) следующий:
1.Если решение не втупило в законную силу, т. е. не прошло 10 рабочих дней с момента его вручения (либо 10 + 6 рабочих дней с момента отправки, если решение направлялось по почте) – подается аппеляционная жалоба в вышестоящий налоговый орган – в Управление ФНС по Вашему региону. К жалобе прикладываются все документы, подтверждающие Вашу точку зрения или факт нарушения инспекцией порядка проведения проверки и рассмотрения ее материалов. Аппеляционная жалоба рассматривается 30 дней и в этот период решение в законную силу не вступает и взыскивать доначисленные по нему суммы нельзя. О результатах рассмотрения Вас должны известить письменно. Это может быть решение:
об отмене решения налоговой инспекции – его последствия понятны;
об подтверждении решения инспекции полностью или частично – тогда оно вступит в силу с момента подтверждения УФНС.
2.Если решение в законную силу вступило – в УФНС подается жалоба (уже обычная, не аппеляционная) . На это у Вас есть год с момента вступления решения о привлечении к ответственности в силу. Точно также пишется жалоба, к ней прилагаются подтверждающие документы и рассматривается она также в течение месяца. Но взыскание доначисленных сумм при подаче такой жалобы, как правило, не приостанавливается.
В соответствии с п. 5 ст. 101.2 НК РФ решение о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения или решение об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения может быть обжаловано в судебном порядке только после обжалования этого решения в вышестоящем налоговом органе. То есть обратиться в суд одновременно с подачей жалобы в вышестоящий налоговый орган не получится.
Если решение вышестоящего налогового органа Вас не удовлетворит, то Вы можете обжаловать решение в судебном порядке. Обратится следует в Арбитражный суд по месту нахождения ответчика, т. е. налоговой инспекции, вынесшей решение. Одновременно с подачей искового заявления в суд Вы можете ходатайствовать о принятии обеспечительных мер – о приостановлении взыскания доначисленных сумм по обжалуемому решению.
Конституционный суд РФ дела подобного рода не рассматривает.

В суд Вы можете обоатиться, только вот возьмут ли у Вас иск. Оснований нет.