Физлицо (не ИП) продает нежилое помещение (магазин), которое было в собственности более 10 лет. Надо ли уплачивать НДФЛ?

В законе однозначного ответа на свой вопрос вы не найдёте.
Не забывайте о том, что сдача в аренду - это тоже вид предпринимательской деятельности (в этом плане для пенсионеров никаких преимуществ не существует) .
Дело в том, что, если налоговики вашего региона определят вашего пенсионера как не зарегистрированного предпринимателя, то в данном случае продажа нежилого помещения будет налогооблагаться по правилам, предусмотренным для предпринимателей, а не для физлиц – не предпринимателей.
Разница существенная.
При продаже имущества, используемого в предпринимательской деятельности, имущественный вычет по НДФЛ не положен. У просто физлиц есть и имущественные вычеты, есть и расходы : либо-либо. Это важно.
Например, Письмо Минфина России от 06.07.2009 N 03-04-05-01/531, Постановление Президиума ВАС РФ от 16.03.2010 N 14009/09 по делу N А07-15653/2008-А-ЧСЛ/БЛВ.
Мне попалась и другая точка зрения, но таких решений суда единицы. При продаже имущества, ранее используемого в предпринимательской деятельности, вычет предоставляется, если реализация не связана с данной деятельностью. См. Постановление ФАС Московского округа от 24.02.2010 N КА-А41/576-10 по делу N А41-13248/09.
Как вы понимаете, поскольку в законе нет чётких регламентаций, то решение по вашему вопросу будут принимать налоговики. Только они на это уполномочены. Вы можете только их решение в последствии оспорить.

Моё личное мнение : действующее законодательство РФ не содержит ограничения в виде необходимости регистрации физического лица в качестве ИП для осуществления правомочий собственника. Но, согласно НК РФ, доходы граждан, полученные от сдачи в аренду или иного использования имущества, находящегося в РФ, являются объектом налогообложения по НДФЛ (подп. 4 п. 1 ст. 208 и ст. 209 НК) и за неуплату налога ответственность неизбежна.
Если ваш пенсионер не является предпринимателем, то наниматели (арендаторы) , являющиеся юридическими лицами или ИП (а раз магазин, то так и есть) , при выплате вашему пенсионеру - собственнику нежилого помещения вознаграждения за пользование помещением (грубо говоря арендной платы) должны удержать 13% НДФЛ и перечислить ее в бюджет (п. 4 ст. 226 НК РФ) , т. е. выполнить обязанности налогового агента.
Пенсионеру должны выдать справку формы 2-НДФЛ, копию которой ему надо приложить к заполненной налоговой декларации по форме 3-НДФЛ при сдаче в налоговую инспекцию.
Только в таком случае может идти речь о продаже нежилого помещения по правилам, предусмотренным для просто физлиц. Мне представляется, что если таковой механизм не соблюдался, то вашего пенсионера - собственника могут посчитать предпринимателем.
Допустим, что ваш собственник предпринимателем не признан.
Тогда можно рассмотреть ситуацию, когда ваш пенсионер продаёт недвижимость как просто физлицо. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 НК РФ налогоплательщик имеет право на получение имущественных налоговых вычетов. Согласно подпункту 1 пункта 1 статьи 220 НК РФ налогоплательщики, получившие доход от продажи принадлежащего им на праве собственности имущества, для определения налоговой базы вправе уменьшить этот доход на имущественный налоговый вычет.
Арифметика такая. Полученная сумма от продажи минус налоговый имущественный вычет 250 000 руб. (или сумма, потраченная на покупку 10 лет назад) равно налогооблагаемая база по НДФЛ умноженная на 13% ставки налога.
Помните о том, что какие бы супер юристы, аудиторы, бухгалтеры вас не консультировали, решение будет принимать налоговый инспектор с его точки зрения.

нет так как владел более 3 лет

Надо уплатить НДФЛ по ставке 13% с суммы продажи.
Сумму продажи, облагаемую налогом, можно уменьшить на 100% (или вернуть удержанный покупателем налог) , - имущественный вычет - ,заполнив декларацию и предоставив её в ФНС до 30.04.следующего года, т. е. заявить о праве на вычет, иначе надо будет платить налог.

Налоги платят все. Продажа не облагается налогом в случае, если в собственности более 3-лет, либо - Доход от продажи минус расходы на приобретение, либо продажа имущества на правах личной собственности (ведь это, же не жилое помещение? ) 250 000 руб. ст. 220 НК РФ,