вопрос

попробуй. сперва необходимо срочно подать иски на контрагентов что было суд принял к производству. На процессе заявить ходатайство о приостановлении производства по делу. сказать что те дела являются преюдициональными

попробуйте написать разногласия по акту и подать в налоговую до вынесения решения - обязаны будут рассмотреть и еще не выносить решение целый месяц, а если в разногласиях будут существенные аргументы, то их можно подать и в вышестоящую налоговую.
В разногласиях следует доказывать такие обстоятельства:
1. по оспариваемым накладным Вы все получили (товар или услугу) и все операции с этим товаром отразили в своей бухгалтерии (выручка, транспортные расходы и тд)
2. были реальные лица - представители от данных организаций, которые заключали с Вами хозяйственные отношения, а проверять их на наличие регистрации в налоговых органах не Ваша прямая обязанность, это забота соответствующих органов, для Вас носит лишь рекомендательный характер (на этом надо настоивать и в суде)
3. Вам не стоит горячиться и доказавать наличие ваших партнеров через суд (этот путь заранее бесперспективен для Вас) , Вам стоит доказывать (в том числе и в суде) , что все Ваши действия с этими партнерами были законны и нашли свое своевременное отражение в бухгалтерском учете и в налоговой отчетности, а какие отношения у Ваших партнеров с другими организациями - это вообще не Ваш вопрос
Налоговая обязана доказать, что у Вас не было финансово-хозяйственных отношений с этими организациями, а не начислять НДС, пч эти организации у нее не зарегистрированы

Даже не знаю чем вам можно помочь, я всегда перед заключением договора проверяю добросовесность контрагента 2к стоит, 3дня срок http://sbkonsalt.ru/