если малое предприятие перепродаёт товар, то кто ему возвращает ту сумму НДС которое оно уплатило при закупке товара?

Если вы на упрощенной системе налогообложения, то ни о каком НДС речи идти не может, так как данный вид налогообложения заменяет ряд налогов для упрощения малому бизнесу налогового бремени. Если вы все же находидеть на общей ситеме налогообложения Вы имеете право претендовать на так называемый возврат только в том случае, когда сумма исчисленного Вами налога, меньше суммы исходящего. Приведу пример, вы продаете товар (стоимость 100 рублей НДС 18) - соответственного оказываете услугу, значит полученная от покупателя сумма содержит выставленный Вами НДС в размере 18 рублей подлежит уплате в бюджет. Одновременно с этим вы что либо покупаете и уплачиваете НДС в размере, скажем 5 рублей. Данную сумму вы отнимаете от 18 - к уплате 13 рублей, затем в этомже периоде вы что - то еще покупаете и уплачиваете НДС в размере 20 рублей. Тогда получается что в итоге к уплате у вас 18 а к вычету 25 разницу в 7 рублей Вам то и возвращют из бюджета.

При чем малое или не малое? На какой системе налогообложения? Общей - принимает к вычету, УСН - на расходы

Возвращает ВСЮ сумму казна, но только при экспорте.
Если реализация на территории рф, то организация сама считает сумму НДС,
которую она выставила покупателям, вычитает из неё сумму из НДС, которую
ей выставили поставщики, и РАЗНИЦУ платит в казну.