При продаже квартиры, которая не была в собсвенности 3 годы - взымается подоходный налог 13%

Если квартира находилась в собственности менее 3-х лет, налог взимается с полной стоимости сделки. При этом предоставляется имущественный вычет в размере 1000000 рублей. То есть, если квартира продается за 1200000, то облагается налогом 200000 рублей. Если стоимость квартиры менее 1 млн. рублей - налог не уплачивается. Если квартира в собственности более 3-х лет - вычет предоставляется на всю стоимость сделки.
Декларацию о доходах подавать все равно придется

Согласно НК РФ (п. п. 1. п. 1 ст. 220) Вы можете получить имущественный налологовый вычет в сумме не более 1 млн. руб, т. е. НДФЛ по ставке 13 % будет взиматься с суммы дохода полученного от продажи квартиры (по договору) , УМЕНЬШЕННОГО на 1 млн. руб.
ВМЕСТО использования права на получение этого вычета, Вы также в праве сумму своего дохода от продажи уменьшить на сумму фактически произведенных им и ДОКУМЕНТАЛЬНО подтвержденных расходов, на предыдущее приобретение этой же квартиры, а НДФЛ по ставке 13% будет взыматься с полученной разницы.
Так что смотрите в каком варианте налогооблагаемая сумма и размер налога меньше и соответственно выбирайте.
В обоих случаях Вам придется сдавать в налоговую Декларацию о доходах по форме 3НДФЛ - заполнение этой Декларации Вы и будете производить для выбранного Вами варианта налогообложения.
На сайте ФНС РФ - http://www.nalog.ru/el_usl/no_software/prog_fiz/
можете бесплатно скачать Программу подготовки сведений по форме 3-НДФЛ и 4-НДФЛ за 2010 год . Сейчас там - «Декларация 2010» , а в начале 2012 г. появится «Декларация 2011».
Эта прога довольно проста и учитывает разные ситуации, в т. ч. и налоговые вычеты в обсуждаемых вариантах - сам пользуюсь ей много лет.
Удачи