Как сэкономить пространство в детской комнате близнецам, если комната три на три с половиной?

ну минимум двухярусная кровать

Уточняйте вопрос, сколько лет детям, насколько плотно необходимо «ужаться», какой высоты потолки и какой бюджет готовы потратить на переделку комнаты?

От этого будут зависеть конкретные советы по планировке, зонировании и «экологичности» интерьера.
Ведь для «тихих» детей подойдёт любое решение по мебели и материалам отделки, а для «подвижных» надолго «обычных» конструкций не хватит. Можно сделать, что-то типа кубрика для матросов, где будут в основном только спать, а можно и «мини-спортзал» организовать, чтобы напрыгавшись, дети спали «без задних ног» ;)
https://yandex.ru/search/?text=идеи как обустроить маленькую комнату для двоих детей&lr=213

В любом случае, общим будет совет, если есть нехватка площади для досуга, придётся «лезть вверх» - ярусные конструкции мебели имеют многие производители в своих линейках моделей для детей. И обязательно позаботиться о чистоте воздуха - регулярные влажные уборки и проветривания. Кстати, это можно поручить выполнять самим близнецам

А три на три с половиной это что ли мало?

3х3.5 - обычная комната. У меня в такой двое детей выросли. Без всяких ярусных кроватей, с двумя односпалками.

Сейчас много решений всяких детских уголков - где на 1 "этаже" - стол, стул и шкафчики всякие для игрушек, а кроватка - на 2 "этаже". Вот каждому - такой уголок детский купить и поставить.
А то просто от 2-ярусной кровати могут передраться - кому на верху спать, дети - они такие.

Для экономии пространства можно использовать мебель компактную. Двухярусные кровати детские, выбрать можно тут:

Интернет-магазин - https://comfortium.ru/catalog/mebel/detskie/ купить все для детской комнаты: кроватки, матрасы, постельное белье, парты, столы и стулья

Как обычно, двухярусная кровать