Можно ли удобрить и перекопать клумбу, при этом оставить лилии в земле? не повредит ли удобрение им?

Не копайте, повредите луковицы, или перекопайте с выкопкой лилий, а потом опять посадите в землю, если надумаете выкопать с лилиями, то обработайте их от вредителей и слизней.

А я бы вообще клумбу не перекапывала. Зачем? сейчас и грядки-то далеко не все копают. Есть новые технологии, гораздо более полезные для земли и ее обитателей, а значит и для самих растений - это мульчирование, рыхление и т. д.
Если ничего не собираетесь сейчас сажать на клумбу и кроме лилий она будет до весны пустовать, то и удобрять ее незачем. Лилии подкормите золой или любым осенним минеральным удобрением - для них это сейчас важно. А пустая земля пусть отдыхает до весны.
======
Прочитала ваш другой вопрос. Я бы в таком случае сейчас разложила травяную мульчу, пролила Байкалом и закрыла черной пленкой до весны. Всю пустую клумбу вместе с лилиями. А к весне земляные полезные организмы, подпитавшись мульчой, сделали бы свое хорошее дело - и земля была бы более-менее пригодна для дальнейших посадок.

лилии рекомендуют пересаживать 1 раз в 4 года, если место посадки не затерялось, то можно осторожно и перекопать, удобрение по сезону разбрасывайте и в меру

удобрение это недостающие элементы питания растений в почве.. и что же вы собираетесь сыпать, если боитесь повредить растения..?

Удобрения в меру и по сезону - не повредят. Я бы сделала по совету Просто Любови - заодно обработала бы лилии.