С какими сложностями можно столкнуться покупая землю которая в аренде, а не в собственности?

Арендованная кем-то земля может быть продана только ее собственником ( но не арендатором!) . При этом условия заключенного прежним собственником договора аренды для нового собственника сохраняют силу.
Более конкретно можно что-то сказать только видя документы.

С ОГРОМНЫМИ сложностями, так как арендованная земля не продается. Она может быть только передана в субаренду (и то с согласия собственника).

может быть передана в субаренду с согласия собственника или вам переуступят права аренды, тоже возможно с согласия собственника

Не надо покупать землю в аренде. Скорее всего эта земля взята в аренду при условии, что арендатор там что-то в определенный срок построит и тогда у него возникнет право оформить эту землю. Видать арендатор не справился со своими обязательствами и теперь хочет свои права продать. Теоретически это возможно, а практически такая головная боль, что ну ее нафиг. Сейчас земли на продаже по всем регионам хватает- поищите себе другой участок или так же возьмите в аренду, на тех же условиях, без дополнительного головняка. Уверяю вас, та разница в цене не окупит проблем, которые вы на себя навесите.

Сначала посмотрите с какой целью выделена аренда: скорее всего -на строительство жилого дома, думаю вам это и надо. Я знаю 2 риска.
1 риск. Если земля не в собственности, а в аренде (у администрации) , зн у арендатора есть право аренды, которое он может переуступить. За то, что вам арендатор переуступит право аренды он не имеет право брать денег. - Зн. вы не можете получить от него расписку о том, что дали ему денег - иначе им займется ОБЭП. Если только на участке есть фундамент или какое-нибудь строение, то можно оформить передачу денег под него.
2 риск. Право аренды дается на несколько лет, вам могут его не продлить.

Если на земле нет никаких построек, то она не может быть в собственности, только в аренде. В собственности чаще бывает земля с баней или фундаментом и т. п.
Земля с арендой - это сначала строительство дома, а потом оформление в собственность.