Умные люди- юристы, нужна помощь!!!

Вы собственник квартиры с 1999 года, тогда сделки тоже регистрировались, Ю посмотрите у Вас на договоре должен стоять штамп о регистрации
А сейчас Вы наверно просто зарегистрировали ранее возникшее право, т. е. получили на руки св-во о государственной регистрации (хотя это не обязательно делать) . т. к. раньше до 2000 года его просто не выдавали
Следовательно вы можете указать в договоре полную стоимость и налог вы платить не будете

Собственником Вы становитесь с момента регистрации договора купли-продажи. Если покупатели будут согласны- укажите в договоре цену не более 1 млн. руб.

Если вы имеете в виду налог на доход от продажи квартиры, то Вы должны были подать декларацию о доходах от продажи до 30 апреля года, следующего за тем, в котором Вы получили деньги от продажи. Это чтобы закон не нарушать. Покупка новой квартиры к декларированию дохода от продажи старой никакого отношения не имеет.

Договор был зарегистрирован в 1999 году в учереждении, которое на тот момент и регистрировало сделки, этот договор можно было и не перерегистрировать в 2009 году, он и так действующий. Соответственно и налог с вас взыматься не будет, а на новую квартиру получите налоговый вычет, если работаете и уплачиваете 13% налог.

с момента госуд регистрации то есть с 2009 года! А налогом облагаетс сумма свыше 2 млн. рублей.

В 1999 году вы зарегистрировали скорее всего договор купли-продажи, а переход право собственности вы зарегистрировали только в 2009 г. Однако, собственником вы являетесь только тогда, когда зарегистрирован не сам договор, а право собственности. Следовательно, вы являетесь собствеником с 2009 года, а не с 1999 года. В период с 1999 года по 2009 г. вы являлись титульным владельцем.