что может сделать несовершенно летний сын с жилплощадью отца,если они оба там прописанны после лишения отцовства?

Ничего. А ребенок будет иметь право проживания в квартире отца

Собственником является отец, мать не имеет на жилье никаких прав. И сын ничего не может сделать. Под словом сделать я имею ввиду именно сделки - продажа, обмен. Сын имеет право там жить, этого у него никто отнять не может.
И зачем его лишать родительских прав? Сын же является наследником

Квартира отца останется квартирой отца. Но вот выписать сына отец не имеет права при любых обстоятельствах.

Давайте уточним: ребёнок прописан на площади отца. А эта площадь принадлежит отцу на каком праве? Если на праве собственности, то ребёнку там ничего не принадлежит, он просто является наследником своего отца. Если отцовская квартира не приватизирована, то отец тоже не собственник этой квартиры, её можно приватизировать, при условии, что ранее проживающие в этой квартире граждане не принимали участия в приватизации. Есть и ещё нюансы. Для исчерпывающего ответа нужно подробно вникнуть в Вашу конкретную ситуацию.

если лишит прав, то ничего сделать, разумеется, не сможет. Более того, его оттуда "выпишут" и отправят проживать к матери

Вы тоже не может лишить права на данную жилплощадь человека, который осчастливил вас таким чадом.

Согласно ст. 71 Семейного кодекса РФ :
1. Родители, лишенные родительских прав, теряют все права, основанные на факте родства с ребенком, в отношении которого они были лишены родительских прав, в том числе право на получение от него содержания (статья 87 настоящего Кодекса) , а также право на льготы и государственные пособия, установленные для граждан, имеющих детей.
2. Лишение родительских прав не освобождает родителей от обязанности содержать своего ребенка.
3. Вопрос о дальнейшем совместном проживании ребенка и родителей (одного из них) , лишенных родительских прав, решается судом в порядке, установленном жилищным законодательством.
4. Ребенок, в отношении которого родители (один из них) лишены родительских прав, сохраняет право собственности на жилое помещение или право пользования жилым помещением, а также сохраняет имущественные права, основанные на факте родства с родителями и другими родственниками, в том числе право на получение наследства.
Лишение родительских прав не лишает права регистрации и пользования и распоряжения жилплощадью. Таким образом, мать ребенка, да и сам ребенок после совершеннолетия ничего не смогут сделать с жилплощадью отца, если он сам этого не захочет

Лишить за что? Его что, выселят, за невозможностью совместного проживания? Кто еще зарегистрирован? Мало информации.

Короче. Суд общей юрисдикции (районный) выносит решение о разделе долей. Затем представитель несовершеннолетнего в пользу несовершеннолетнего регистрирует право собственности на выделенную долю в квартире (приватизирует) - и всё. Чего бояться то. А если пока приватизировать не хотите - так и не парьтесь, собственник этой квартиры - государство, и именно государство в лице полномочных органов определяет кто в квартире прописан и на каком основании можно кого выписать. Не волнуйтесь, ничего бывший отец с долей вашего несовершеннолетнего чада не сделает.

разделить счета, продать долю.