Так жилой дом уже построен-сдан, или как???

Ну и каша у Вас в голове.
Предварительный договор с застройщиком силы не имеет, потому что нельзя договориться о продаже того, чего в собственности нет. Это ни о чем и принудить к чему-либо таким образом застройщика не удастся.
Акт приема-передачи квартиры в Вашем случае носит номинальный характер, потому что нет оснований Вам что-либо передавать. Вам просто передают ключи от квартиры.
Окончательный договор, как Вы его назвали- это и есть основание для передачи квартиры по акту (хотя квартиру и могут передать до заключения договора, но конкретные претензии по недоделкам вы сможете предъявить только став собственником) .
Свидетельства о собственности не бывает без основания, здесь мы опять упираемся в договор купли-продажи, заключенный с застройщиком, ибо он и является в Вашем случае основанием возникновения права собственности. В собственность покупателя квартира оформляется никак не строителями.
По порядку это происходит так: стройка заканчивается, снимаются заборы, обустраивается территория=> происходит приемка госкомиссией, устранение недостатков=>регистрация права собственности на фирму-застройщика=> заключение договора купли-продажи между покупателем и застройщиком (собственником) =>регистрация права собственности на Вас. Где-то между госкомиссией и регистрацией Вашего права собственности квартиру (ключи )вам и должны передать.
Вот по приметам и прикиньте, была ли госкомиссия.

Вообще, предварителный договор купли-продажи в строящемся доме - это притворная сделка. Фактически должен был быть оформлен договор о долевом участии в строительстве, который подлежит государственной регистрации.

гос комиссия как предшествующий оформлению в собственность фактор. сначала сдается дом, а уже потом оформляется право. проверить наличие регистрации прав на недвижимое имущество можно обратившись в данную организацию с письменным запросом, либо заказать выписку из ЕГРП в едином гос. реестре прав (только это дольше) .
так в случае наличия зарегистрированных прав собственности на дом и отсутствия уведомления покупателя о данном факте (см договор) возможно предъявить претензию к собственнику/подрядчику о ненадлежащем уведомлении Вас.