как выписать бывшую жену и её сына от первого брака

Важно знать куда и при каких обстоятельствах выехала ваша жена. Имеет ли она в собственности иное жилое помещение.
Как я понимаю, спорное жилье вы занимаете по социальному. Найму. Вы - наниматель (отв. квартиросъемщик, как сами себя называете) , жена и сын - бывшие члены семьи нанимателя.
Чтоб признать утратившими право на жилье бывших членов семь нанимателя, вам в суде необходимо будет доказать добровольный характер выезда их на иное постоянное место жительства. Односторонний отказ от исполнения обязанностей по договору социального найма.
Это достаточно сложная категоория дел без должной юридической поддержки. Советую обратиться за квалифицированной юридической помощью.
Будет проще, если ваши бывшие члены семьи приобрели жилье в собственность. Тогда достатчно доказать факт отказа от прав и бязанностей.
Если её сын от первого брака несовершеннолетний, вселялся законно, тогда его признать утратившим практически невозможно

Это вряд ли, потому что вы не собственник. Если вы подадите иск о признании их утратившими право пользования, то жена просто скажет, что вы сами вынудили ее съехать и препятствовали ее проживанию там

если квартира муниципальная, то практически нереально

Если Вы в суде докажите, что бывшая жена ДОБРОВОЛЬНО уехала жить на другое постоянное место жительства и при этом не оплачивает платежей, то её могут признать утратившей право на жилое помещение и снимут с рег. учета по ст. 69 п. 4 и ст. 83 ч. 3 ЖК РФ. Если сын несовершеннолетний, то скорее всего откажут, так как он сам не может решить где ему жить.

Можно попробовать в судебном порядке снять их с регистрационного учёта

можете - но через суд

Да. Через суд. Либо не приобретшим право пользования - если не жили.. . или утратившим право пользования.... Докажите, что оплачиваете ком. услуги Вы сами и снимите их с рег. учета как фактически не проживающих. Отвественный квартиросъемщик - такого нету... Есть договор соц. найма и все проживающие имеют равные права и обязанности...

Если собственником квартиры являетесь только Вы, то выписать можно без проблем. Но если в собственности квартиры есть и супруга, и ребенок, то сделать это невозможно. Тем более возникнут сложности при выписке, если ребенок - несовершеннолетний и был прописан в квартире. Если квартира не является собственностью и, действительно, длительное время супруга не проживает в ней, то - через суд. Но опять же может возникнуть проблема, если ребенок - несовершеннолетний. В случаях, когда имеются прописанные в квартире несовершеннолетние дети, всегда возникают проблемы в суде.