Может ли муж проживать с женой в квартире, где она прописана, но квартиросъёмщик её отец?

Нет, не может. Более того он не может даже входить в квартиру без согласия отца жены. Если попытается это сделать без его согласия, то это уже статья 139 УК РФ.

если у жены есть отдельная комната, муж может с ней жить, ст. 38 Конституции РФ: семья находится под защитой государства

1. Понятие "ответственный квартиросъёмщик" было отменено в марте 2005 года и вы с отцом являетесь нанимателями на равных правах.
2. Прописку отменили в 1993году. Сейчас у на РЕГИСТРАЦИЯ, которая из себя представляет только уведомление государства о том, где вы проживаете, но прав никаких сама по себе не даёт.
3. Ваш муж имеет право жить в вашей квартире только с согласия всех зарегистрированных, т. е. согласие вашего отца является ОБЯЗАТЕЛЬНЫМ. И он правда может вызвать полицию.

Без регистрации он не сможет проживать в квартире, а зарегистрировать его можно только с согласия всех зарегистрированных. Отец, я так понимаю, своего согласия не даст. Замкнутый круг. Вопрос в другом - почему два совершеннолетних, взрослых человека так по-скотски ведут себя со своими родителями? Неужели отец (который заработал эту квартиру) не имеет права жить так, как ему удобно? Молодая семья должна жить отдельно, самостоятельно. Снимите жильё, не позорьтесь, не гнобите родного отца. Жизнь в таких условиях - это не жизнь. Что для вас с мужем, что для отца.

ваши права обременены нельзя вселить иначе по суду

Мужа к жене (и наоборот) , неженатых детей к родителям можно прописать не зависимо от величины площади....

Полиция не поможет. Поверьте мне. Муж не совершит правонарушений, если будет жить с вами. Его никто не выгонит. Участковый занимается только теми, кто нарушает общественный порядок, а здесь нрушений нет. Проверит паспорт и уйдет. Так как каждый имеет право жить где угодно, а не по месту регистрации.