Регистрация права собственности на Жилой дом за организацией, а земля у физика!

Можно оспорить. Но сомнительно. У вас дом многоквартирный выходит. Тут может быть такое, что владец квартиры не будет владельцем участка.
Срок исковой давности - 3 года с регистрации права собственности

Оспорить можно все. Обращайтесь очно к юристу, показывайте ему все документы.

Статья 15. Собственность на землю граждан и юридических лиц

1. Собственностью граждан и юридических лиц (частной собственностью) являются земельные участки, приобретенные гражданами и юридическими лицами по основаниям, предусмотренным законодательством Российской Федерации.

Разрешение на строительство

Разрешение на строительство - это документ, подтверждающий соответствие проектной документации требованиям градостроительного плана земельного участка и дающий застройщику право осуществлять строительство, реконструкцию объектов капитального строительства, а также их капитальный ремонт.
Разрешение на строительство, реконструкцию оформляется, регистрируется, выдается застройщику Москомархитектурой на основании представленного пакета документов.

Документами, удостоверяющими право застройщика (заказчика) на использование земельного участка, иного объекта недвижимости для строительства, реконструкции градостроительного объекта, являются:
1. решение о строительстве, реконструкции;
2. протокол результатов конкурса (в случае проведения конкурса на приобретение для строительства, реконструкции земельного участка, иного объекта недвижимости, являющегося собственностью города Москвы) ;
3. документы установленного законодательством вида, удостоверяющие право застройщика (заказчика) на земельный участок, иной объект недвижимости;
4. договор (контракт) между застройщиком (заказчиком) и уполномоченным органом исполнительной власти города Москвы, содержащий взаимные обязательства сторон по выполнению требований и условий разрешенного использования участка территории градостроительного объекта в части земельных участков и объектов недвижимости на них, находящихся в собственности города Москвы и выполнению связанных с ним обязательств в отношении третьих лиц, подписанный каждой из указанных сторон и оформленный в соответствии с законодательством.