Я собственник квартиры. В ней прописаны 2 человека - я и мой отец, который с нами не живёт уже 3 года.

если вы являетесь единоличным собственником, а отец просто прописан в этой квартире и не хочет выписываться добровольно, то вы можете предъявить к нему иск о выселении только через суд

Если Вы собственник, то вполне можете обратившись в суд снять его с регистрациноного учета.

Если собствнником квартиры являетесь только вы, а ваш папа просто зарегистррован то вы имеете полное право подать в суд исковое заявление о снятии вашего отца с регистрационного учета. Если же ваш папа отказался от приватизации в вашу пользу. то вы снять с регистрационного учета его не сможете . даже и через суд.

Как испортил людей квартирный вопрос. Дети родителей, матери детей, братья братьев готовы выгнать на улицу и не стесняются об этом публично спрашивать!

вы конечно можете обратиться в суд... но очень даже не факт что он примит вашу сторону и выпишет вашего отца. Прописки можно лишить только за какой-то проступок или же по его собственному желанию.
Прежде чем идти в суд, попробуйте с ним мирно решить этот вопрос
p.s.право собственности вам тут не помощник. Прописка сильнее, чем просто владение собственным имуществом.

Зайди в паспортный стол да узнай.
Но по человечески - ты бы хотела что б тебя твои дети вот так вот из дому.. . а?

Его можно выписать только в том случае, если есть куда еще прописать. А так через суд...