Как убедиться в чистоте сделки при покупке квартиры если покупка без агенства напрямую у собственника?

Это серьезное дело и разумно обратиться к риэлтеру.
Я пару месяцев изучала вопрос 10 лет назад, и риэлтер сказал, что мог меня "нагреть"...
На момент покупки все должны быть выписаны!
От продавца справку из псих- и нарко-диспансера!
Покупать только у собственника - никаких доверенностей!
Со дня приватизации проверять кто куда по какой причине выписался: из армии и тюрьмы вернутся сюда. Отказавшиеся от приватизации - имеют право пожизненного проживания!! ! Заказать выписку ЕГРП в Росреесте о квартире. 200 р.
Деньги через ячейку! - учесть, что банк не проверяет качество предоставляемых документов - прописать в договоре с банком - вскрывать ячейку только вместе после получения Свидетельства на право собственности.
При чем здесь сестра - она не собственник. А согласие супругов (и личное присутствие) может понадобиться. Сумму указывать реальную и получить налоговый вычет до 260 тысяч с 2 млн.
Договор в простой письменной форме из инета 3 экз, записаться в РОсреестр, там же бесплатная консультация (и возможно тыщи за 2-3 заполнят договор) , взять квиток на оплату 1000 р.

Значит самому и убеждаться в "чистоте квартиры".
Проявив разумную осмотрительность.
Нет ли прав третьих лиц в н. в. .
Или возможности третьим лицам заявить о своих правах в будущем.

Один из рисков Вы уже написали - наследство менее трех лет и наличие сестры у собственника. Не исключено, что сестра могла тоже претендовать на это наследство. Могут всплыть и другие возможные наследники. Значит теоретически сделку могут оспорить.

Выписка из ЕГРП дает определенную информацию, но не гарантирует юридическую чистоту квартиры. В данном случае нужно проверять всю ситуацию с наследством - когда, кем от кого получено, по закону или по завещанию, по решению суда и т. д. Это как минимум.

В принципе, на такую сделку без консультации специалистов самостоятельно лучше не идти. Обратитесь в агентство. Вам ведь не нужен полный пакет услуг. Объект Вы уже подобрали. Вам нужна только проверка и сопровождение сделки. Это намного дешевле.

Без агенства стрёмно.

Ничего сложного - заказываете выписку из ЕГРП. Там указаны все собственники квартиры и все обременения вроде ипотеки (если есть)