нужна грамотная помощь.

ДЖП правы, договор с/найма не делится. Не делится, ибо до 2005 года не было ни ЖК РФ, ни договоров соответственно. Открывались лишь лицевые -финансовые счета на нанимателя. Жилые помещения предоставлялись на основании Решения местных органов власти, а для вселения был такой технический антрибут, как ордер где указывались куда вселить и кого вселить. После
вселения ордер оставался на ответственном хранении в этом самом ДЖП. Вам, всего навсего, нужно в судебном порядке заявить исковое требование о заключении с вами договоров социального найма на то и другое жилище указанных в ордере, являющимися раздельными жилыми помещениями, в каждом из которых проживает фактическм отдельная семья.. Иск к собственнику - муниципалитету, джп тут не причем, они лишь осуществляют оперативное управление недвижимостью. В качестве еще довода -это раздельная реализация права на приватизацию каждой из отдельно проживающей семьи.

вопрос сложный, рекомендую обратиться за бесплатной консультацией и помощью в общественную приёмную любой партии: ер, кпрф, лдпр, ср, яблоко и т. п.

Придется вам изначально обращаться в Жилищное агентство Вашего района (или как оно у вас там называется) за определением порядка внесения платежей по каждой квартире отдельно. Только после этого возможно обращение в суд.
Думается, что Вам придется обращаться в суд (всем вместе) об обязании местного муниципалитета заключить с вами отдельные договоры социального найма на эти разные квартиры с мотивировкой именно той, что Вы указали

Фактически два самостоятельных объекта недвижимости ( ст. 16 п. 3 ЖК РФ) . . С разделением лицевых счетов проблем не будет, т. к. это не противоречит постулату - не дадим множить коммуналки !! Поднимайте ПП РФ от 2005 года о запрете деления лицевых счетов в отдельных квартирах и в суде покажите ( план квартир из БТИ предоставьте) , что ЭТО не ваш случай..