Стоит ли писать уведомления второму собственнику? Какой договор правильнее?

Вы не продаете трехкомнатную квартиру.
У вас два отдельных объекта- жилые помещения в комм. квартире.
Разные собственники у объектов, отдел. объекты стоят на кадастр. учете.
Покупатель купит два объекта, а не один- квартиру.
Это право покупателя потом снять с учета два объекта и поставить на учет один- квартиру и свое право на квартиру зарегить.
Можно конечно и 10 объектов разных разным собственникам (множественность стороны) продать одному покупателю.
Но в вашем случае лучше по отдел. договору продать каждому свою долю одному продавцу.
Потому что одному из продавцом- освобождение от НДФЛ (более трех лет в собственности).
А другому- есть обязанность подать декларацию, применить налог. вычет можно, рассчитать и заплатить НДФЛ.
И вам, чтобы заявить именно 1 млн. стандарт. вычет. нужен отдел. договор. и чтобы не препираться с налоговой, что по тому общему договору мы не доли продавали, а отдельные объекты. Когда сами со всей дури собираетесь продать квартиру одним договором.
--------
По ст. 250 ГК РФ обязан продавец уведомить сособственника при продаже постороннему.
Вот и уведомите.
К нотариусу все троим, там двое продавцов напишут нотариал. отказы от приобретения долей друг у друга. Потом каждый продавец нотар. договор заключит с посторонним покупателем. как это положено.
Этот огород можно было бы не городить, если бы у обоих продавцов в собственности более трех лет было бы продаваемое.
-----
Покупателю все равно- один договор или два. Он по обоим получит вычет при покупке.

Все правильно, один договор и должен быть.... но в 4- хэкземплярах

В нем прописывать продавцами двоих.... покупателя одного:

По экземпляру для каждого участника + 1 Росреестру

Мы, Иванов Иван Иванович.... и Иванов Петр Иванович.... именуемые в дальнейшем Продавцы, и Сидоров Сидор Сидорович.... именуемый Покупатель

Так же можно прописать кто сколько получает

уведомление в этом случае не нужно, вы продаете одновременно
а вот налоги!!!

уведомление пишется на случай, если у другого собственника возникнут претензии. если доверяете друг другу, можно без уведомления. но лучше подстраховаться.