Нужно ли платить 13% налог, когда продаёшь свою долю, равную 1000 000 рублей?

Может вообще освобождение от НДФЛ, потому что квартира (доля в ней) более 3 лет в собственности.
Если менее трех лет, то есть обязанность подать декларацию о доходе и заплатить НДФЛ.
При этом, есть право использовать один из двух возможных налоговых вычетов при продаже (в размере расходов на приобретение или стандартный 1 млн. руб.).
Нужно выбрать тот, корый выгоднее, заявить вычет, рассчитать остаток (вычет вычесть из дохода) и с остатка, если таковой есть, - рассчитать и заплатить НДФЛ.
Нет такого в Налог. кодексе, что если доход меньше 1 млн., то не надо платить НДФЛ.
Есть право применить стандартный налоговый вычет 1 млн, и с остатка заплатить НДФЛ, нет остатка, не будет соответственно и НДФЛ, но декларацию нужно подать, вычет заявить, все посчитать и спать спокойно.
-----------
При долевой собственности станд. вычет 1 млн делится на всех собственников долей пропорц. доле, если продавать по одному договору.
Вам с сосообсвтенником это не выгодно.
Если по разным договорам продавать каждому собственнику доли свою долю, то каждый может заявить станд. вычет 1 млн.
Если вы разными договорами будете продавать доли, при этом стоим. квартиры согласовали в 4050 тыс руб, то соответсвенно при аккуратном расчете у собственника 3/4 стоимость его доли - 3037500 руб, а ваша 1/4 стоит 1012500 руб.
Соответственно, вы если продаете по отд. договору свою долю, заявите доход 1012500 руб., заявите 1 млн станд. вычета. остаток будет 12500 руб. и с него 13% НДФЛ будет 1635 руб.
--------
Впрочем можете и иначе согласовать стомость долей, сособственник продаст за 3050 тыс. руб., а вы- за 1 млн. покупатель.
Но вам все равно подать декларацию о доходе 1 млн. и заявить вычет 1 млн., выйдя в ноль по остатку и соотв. по НДФЛ.
-----------------------
Плюс расходы по нотар форме договора - госпошлина, правовая и техработа нотариуса, потому что продажа доли обязат. нотар. форма, госпошлина от кадастр. стоимости доли будет.

С суммы до 1млн налог не взимается.

проще подарить долю второму сособственнику (если близкие родственники) и потом продавать квартиру целиком

Если у вас с тех времен ( до июля 2016 года ) свое Свидетельство на 1/4 доли в праве в квартире - НЕ надо платить налог.. Вы продаете отдельный объект.. ( Смотри письмо Налоговой Службы № ЕД -4-3/ 13578 ) до миллиона включительно .. Нет налога с продажи недвижимости до миллиона.. Ст. 220 Н. К. РФ.. Но сначала содольщику предложить.. Ст. 250, 165-1 ГК РФ.. Если квартира больше 3-х лет в собственности ( 5-ти с 2016 г. по ДКП, мене) - не заморачивайтесь налогами.. Если меньше 3-х лет кадастровую стоимость, умноженную на 0,7 посмотрит налоговая.. №284 - ФЗ ..В пределах миллиона - нет налога..

При названных условиях платить налог не придётся.

а у вас менее 3-5 лет в собственности?
Платить с суммы, превышающей 1 млн.

А кто вам сказал, что она столько стоить будет?

Нет. Если речь о недвижимости, то налог уплачивается только с разницы свыше 1 млн. рублей.

Платить придется с суммы,,,, 12,5 тыс