Такая ситуация! Помогите!

Ситуация надуманная: условия проживания ребёнка (по месту регистрации) не ухудшились, значит, всё в норме

1. Прописки нет в России уже боле 25 лет
2. Ребенок должен быть зарегистрирован по месту жительства с родителями (ем), то есть с матерью, где реально живет. В чем проблема?

В чем проблема, сын с вами по факту не живет, а живет с матерью?

Неизвестно, квартира в городе в собственности (у Вас, и др. лиц может быть, у кого именно?) или по дог. соцнайма (кто наниматель, члены семьи нанимателя)?
Непонятно, зачем Вам сниматься с регистр. учета по месту жительства в городе, чтобы зарегистрироваться по месту жительства в деревне?
Вы на самом деле меняете место жительства, или придумали себе, что вы этим способом можете решить какую-то реальную или надуманную проблему?
В какое жилое помещение вы собираетесь вселяться в деревне, на каком основании? Вы вполне можете и по месту пребывания зарегистрировтсья в некоем жилом помещении в деревне, оставаясь зарегенным по месту жительства в городе.
Почему, если соглашением родителей или решением суда место проживания ребенка определено с матерью, и фактически ребенок проживает с матерью в др. городе, мать не регистрирует его по своему месту жительства?
Может мать ребенка тоже вообразила, что у ребенка возникают имущественные права "от прописки"?
----------
Приказ МВД России от 31.12.2017 N 984 "Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации" (Зарегистрировано в Минюсте России 05.04.2018 N 50635)
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_295702/

54. Для снятия с регистрационного учета по месту жительства гражданин (законный представитель) представляет:
54.1. Заявление о снятии с регистрационного учета по месту жительства произвольной формы с указанием адреса выбытия. Письменное заявление о снятии с регистрационного учета гражданин вправе представить в орган регистрационного учета по месту фактического проживания.
54.2. Паспорт гражданина (свидетельство о рождении несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста).
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_295702/abe256e82cc60afe390ece68de442436223656b9/
-------
Т. е Вы подадите заяву о снятии ребенка с рег. учета со своим паспортом и свид. о рожд. ребенка, никаких согласий др. родителя или иных третьих лиц не предусмотрено регламентом,
просто у Вас наверное нет свидет. о рождении ребенка.

по месту пребывания сына зарегистрируйте \ с отцом или матерью\.не затрагивая регистрации по месту проживания..

Мне кажется может и один

конечно ты можешь если захочешь перипрописать сына с собой в деревню .. а можешь оставить его просто БОМЖом